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面向生物图谱数据的通路异常检测与多维属性降噪机制设计1

面向生物图谱数据的通路异常检测与多维属性降噪机制设计

1.研究背景与意义

1.1生物图谱数据重要性

生物图谱数据是生物医学研究的关键资源，涵盖了从基因表达、蛋白质相互作用到

细胞信号传导等多个层面的信息。这些数据为理解生物系统的复杂性提供了基础。例

如，人类基因组计划产生了海量的基因序列数据，而蛋白质相互作用网络图谱则揭示了

细胞内分子间的协同作用机制。据统计，全球每年产生的生物图谱数据量以超过30%

的速度增长，这些数据在疾病诊断、药物研发和个性化医疗等领域具有巨大的应用潜

力。以癌症研究为例，通过对肿瘤细胞的基因表达图谱和蛋白质相互作用图谱的分析，

研究人员能够识别出与癌症发生发展相关的生物标志物和潜在的药物靶点，从而为开

发新的治疗方法提供依据。

1.2通路异常检测研究现状

通路异常检测是生物图谱数据分析中的一个重要方向，旨在识别生物系统中偏离

正常状态的通路或路径。目前，已有一些基于统计学和机器学习的方法被提出用于通路

异常检测。例如，基于贝叶斯网络的方法能够通过构建概率模型来推断通路中节点间的

依赖关系，从而检测出异常通路。然而，这些方法在处理大规模生物图谱数据时面临着

计算复杂度高和检测精度有限的挑战。近年来，随着深度学习技术的发展，一些基于神

经网络的方法开始应用于通路异常检测。例如，图神经网络（GNN）能够有效地处理图

结构数据，通过学习节点和边的特征表示来识别异常通路。尽管如此，现有的通路异常

检测方法在处理复杂的生物图谱数据时仍存在一些不足，如对噪声数据的鲁棒性较差，

以及在多通路联合分析时的性能有待提高。

1.3多维属性降噪研究现状

生物图谱数据通常具有多维属性，如基因表达水平、蛋白质丰度、代谢物浓度等。

这些多维属性数据在实际测量过程中往往会受到各种噪声的干扰，从而影响数据分析

的准确性和可靠性。多维属性降噪是生物图谱数据分析中的一个关键问题，目前已有多

种方法被提出用于解决这一问题。传统的降噪方法主要基于统计学原理，如主成分分析

（PCA）和独立成分分析（ICA），这些方法能够有效地去除数据中的噪声成分，但它们

在处理非线性关系和复杂结构数据时存在一定的局限性。近年来，一些基于深度学习的

降噪方法逐渐受到关注。例如，自编码器（Autoencoder）和变分自编码器（VAE）能够

通过学习数据的低维表示来去除噪声，同时保留数据中的重要特征信息。此外，一些基

2.生物图谱数据特点分析2

于生成对抗网络（GAN）的降噪方法也取得了较好的效果。然而，现有的多维属性降噪

方法在处理大规模生物图谱数据时仍存在一些问题，如降噪效果与数据规模和复杂度

之间的平衡问题，以及如何在降噪过程中保留生物系统的生物学意义等。

2.生物图谱数据特点分析

2.1数据结构与类型

生物图谱数据具有复杂的结构和多样的类型，主要包括以下几种：

•基因表达数据：以矩阵形式呈现，行代表基因，列代表样本，每个元素表示基因

在特定样本中的表达水平。例如，人类基因组约有2万多个基因，一个包含100

个样本的基因表达矩阵就有超过200万的数据点。这种数据类型反映了基因在不

同条件下的活性状态，是研究基因功能和疾病相关基因的重要基础。

•蛋白质相互作用网络数据：以图的形式表示，节点代表蛋白质，边代表蛋白质之

间的相互作用。一个典型的蛋白质相互作用网络可能包含数千个节点和数万个边。

例如，在酵母细胞中，已鉴定出超过10万个蛋白质相互作用。这种数据类型揭示

了蛋白质在细胞内的协同作用机制，对于理解细胞功能和疾病发生机制至关重要。

•代谢物浓度数据：以表格形式呈现，行代表代谢物，列代表样本，每个元素表示

代谢物在特定样本中的浓度。例如，人体代谢组包含数千种代谢物，一个包含50

个样本的代谢物浓度表就有数万个数据点。这种数据类型反映了细胞内的代谢状

态，对于研究代谢性疾病和药物代谢具有重要意义。

•细胞信号传导通路数据：以有向图的形式表示，节点代表信号分子，边代表信号

传导方向。一个典型的