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利用蛋白质序列嵌入与结构推理进行全基因组互作预测的系统实现1

利用蛋白质序列嵌入与结构推理进行全基因组互作预测的系

统实现

1.研究背景与意义

1.1全基因组互作研究的重要性

全基因组互作研究对于理解生物系统的复杂性至关重要。在生物体内，基因并非孤

立存在，而是通过复杂的相互作用网络共同调控生物的各种性状和功能。例如，在人类

疾病的发生发展中，许多疾病并非由单一基因突变引起，而是多个基因之间的相互作用

导致的复杂性状表现。据统计，超过80%的人类复杂疾病与多个基因的相互作用有关，

如心血管疾病、糖尿病和癌症等。全基因组互作研究能够帮助我们揭示这些复杂疾病的

遗传基础，为疾病的早期诊断、治疗靶点的发现和个性化医疗提供理论依据。

从农业角度看，全基因组互作研究对于培育优良作物品种具有重要意义。通过研究

基因之间的互作关系，可以更好地理解植物的生长发育、抗逆性和产量形成等性状的遗

传调控机制。例如，在水稻中，多个基因通过复杂的互作网络调控其产量性状，通过对

这些基因互作关系的研究，可以为培育高产、优质、抗逆性强的水稻新品种提供关键基

因资源和理论支持。

此外，全基因组互作研究还对生物进化研究具有深远意义。基因之间的相互作用在

生物进化过程中起着关键作用，通过研究不同物种之间的基因互作网络，可以深入了解

物种的进化历程和适应性进化机制。例如，通过对不同物种的基因互作网络进行比较分

析，发现某些基因互作模式在进化过程中高度保守，这些保守的互作模式可能与生物的

基本生命活动密切相关，而一些物种特有的基因互作模式则可能与其特殊的适应性特

征有关。

1.2蛋白质序列嵌入与结构推理的优势

蛋白质是基因表达的产物，是基因功能的直接执行者。蛋白质之间的相互作用是基

因互作的重要体现形式。传统的蛋白质相互作用研究方法主要依赖于实验手段，如酵母

双杂交、共免疫沉淀等，这些方法虽然能够获得较为准确的蛋白质相互作用信息，但存

在实验成本高、通量低、难以大规模应用等局限性。随着生物信息学和计算生物学的快

速发展，基于蛋白质序列和结构信息的计算方法逐渐成为研究蛋白质相互作用的重要

补充手段。

蛋白质序列嵌入技术能够将蛋白质的序列信息转化为低维的向量表示，这些向量

能够捕捉蛋白质序列中的关键特征和模式。例如，通过深度学习算法对蛋白质序列进行

嵌入，可以将长度不一的蛋白质序列映射到一个固定维度的向量空间中，使得不同蛋白

2.蛋白质序列嵌入技术2

质之间的相似性和差异性能够通过向量之间的距离和角度等度量方式进行量化。这种

嵌入技术的优势在于能够充分利用大量的蛋白质序列数据，无需依赖实验数据，且计算

效率较高，可以快速处理大规模的蛋白质序列数据集。

结构推理则是基于蛋白质的三维结构信息来预测蛋白质之间的相互作用。蛋白质

的三维结构决定了其功能和相互作用方式，通过解析蛋白质的结构信息，可以更准确地

预测蛋白质之间的结合位点和相互作用模式。例如，利用分子对接技术结合蛋白质结构

信息，可以模拟蛋白质之间的相互作用过程，预测其结合亲和力和结合方式。结构推理

的优势在于能够提供更精确的蛋白质相互作用信息，尤其对于那些已知结构的蛋白质，

其预测结果具有较高的可信度。

将蛋白质序列嵌入与结构推理相结合，能够充分发挥两者的优势，实现对全基因组

互作的高效预测。蛋白质序列嵌入可以快速筛选出可能具有相互作用的蛋白质对，然后

通过结构推理进一步验证和细化这些相互作用关系，从而提高预测的准确性和可靠性。

这种结合方法不仅能够处理大规模的蛋白质序列数据，还能够提供详细的蛋白质相互

作用机制信息，为全基因组互作研究提供了一种高效、准确的计算框架。

2.蛋白质序列嵌入技术

2.1嵌入方法概述

蛋白质序列嵌入技术是将蛋白质的序列信息转化为低维向量表示的过程，这一过

程对于后续的蛋白质相互作用预测至关重要。目前，常见的嵌入方法包括基于传统机器

学习的特征提取方法和基于深度学习的嵌入方法。

-传统特征提取方法：这些方法通常依赖于手工设计的特征，如氨基酸组成、物理

化学性质等。例如，通过计算蛋白质序列中每种氨基酸的频率来构建特征向