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宏基因测序技术在成人医院获得性肺炎中的临床应用专家共识解读2026

背景与临床意义

1.医院获得性肺炎（HAP）的流行病学与诊疗挑战

定义：入院248小时后发生的肺炎，排除潜伏期感染（非机械通气患者）。

流行病学：

中国医院感染中占比首位（51.7%下呼吸道感染），美国占院内感染21.8%O

常见病原体：鲍曼不动杆菌（25.6%）、铜绿假单胞菌（20.1%）、肺炎

克伯菌（15.4%）、金黄色葡萄球菌（12.6%）,多重耐药（MDR）

率64.9%O

临床负担：

延长住院时间，增加医疗费用及病死率（耐药菌感染加重预后不良）。

危险因素：既往抗生素暴露史显著增加耐药风险。

2.传统病原检测的局限性

痰/BALE涂片、培养、核酸检测及血清学检测：

周期长（培养需24-72小时），敏感性低（尤其罕见/未知病原体）。

难以快速识别混合感染或耐药基因。

3.mNGS技术的优势与挑战

优势：

无偏性检测所有病原核酸（细菌、真菌、病毒、寄生虫、耐药基因）。

缩短诊断时间（24-48小时）,提高混合感染检出率（尤其真菌/胞内菌）o

挑战：

人源核酸干扰（宿主DNA占比高）、定植菌鉴别困难（呼吸道定植菌复

杂）。

生物信息学分析复杂，需专业解读（结合临床与流行病学）。

二、mNGS检测全流程标准化

1.样本采集与处理（共识1-3）

共识1：首选bale或气道抽吸物（优先级：BALF气道抽吸物诱

导痰深部痰/肺组织）。

共识2:免疫功能低下、危重患者（经济允许时）联合微生物培养mNGS。

关键操作：

BALE：减少口咽污染，需经验医师操作（23mL,无菌管冷藏送检，72

小时内）。

咽拭子：评估吸入性HAP的定植菌（避免触碰牙齿）。

肺穿刺：非创伤性检测阴性时考虑。

采集时机：抗感染治疗前或更换方案前（激素不影响结果）。

样本类型：

RNA病毒流行期：同步DNARNA检测（共识3）。

2.样本前处理

灭活：56°C3。分钟（生物安全）。

破壁处理：酶法/化学法/珠磨法（提高胞内菌/真菌检出率）。

人源核酸去除：差异裂解法（温和去污剂裂解宿主细胞DNA酶降解）。

3.核酸提取与质控

提取策略：DNARNA共提（避免遗漏RNA病毒）。

质控标准：

DNA：OD260/280^1.8,OD260/230＞2.0;RNA：OD260/280^

2.0o

核酸量＞lngo

4.文库构建与测序（共识4）

文库标准：浓度＞l-2ng/ML,片段100-300bpo

测序平台：

二代（Illumina/ThermoFisher/华大智造）：读长50-400bp,数据量

＞10Mreads（共识4）。

三代（Nanopore/PacBio）:长读长优势（平均3.2Mb）,适合床旁快

速检测。

数据量要求：＞10Mreads（人源去除后可视情况降低，需验证）。

5.质控体系（共识5）

内参与对照：

内参：噬菌体/合成核酸（监测流程效率）。

阴性对照：人源细胞（如HeLa,监测污染）。

阳性对照：涵盖病毒/细菌/真菌/寄生虫（验证全流程）。

三、mNGS报告解读规则（共识6-15）

1-阳性结果解读

共识6：结合基础疾病、其他检测结果综合判读。

共识7：多细菌检出需考虑混合感染（结合临床表现确定主导病原）。

常见病原体与耐药基因：

毒力基因：K1/K2血清型、rmpA2aerobactin（高毒力株标志）。

耐药基因：ESBLs（SHV/TEM/CTX-M）碳青霉烯酶（KPC/NDM）、

mcr-1（多粘菌素耐药）。

肺炎克伯菌（共识8）:

鲍曼不动杆菌:氨基糖昔类耐药（aac⑶・1）、碳青霉烯类（OXA-23/24）。

铜绿假单胞菌（PDR）:oprD2缺失blaOXA整合子。

MRSA：mecA（阡内酰胺类耐药）、ermB（大环内酯类）。

特殊病原体：

胞内菌（共识9）:军团菌/分枝杆菌（检出即报告，需人工复核）；嗜

肺军团菌提示供水污染（共识10）o

支原体/衣原体：低致病率（HAP重症患者1%）,检出需排除污染供

识11）O

口腔定植菌（共识12）:高丰度需排查误吸（机械通气患者）或取样污

染。

真菌（共识13）:免疫缺陷者（如中性粒细胞减少）检出时，考虑耐药

可能（尤其