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[]谈谈分子模拟中的隐式溶剂模型与GB模型(Updated2010-Apr-6)2009-06-20

19:10

谈谈分子模拟中的隐式溶剂模型与GB模型

文/Sobereva

Lastupdate:2010-Apr-6

本文主要讨论分子模拟中隐式溶剂模型和GB模型（=GeneralizedBorn，广义Born

模型）的各个方面。

隐式水模型优势主要有下：

减少体系的粒子数从而降低计算开销。

没有溶剂摩擦效应，可以加快构象变化。

不显著、具体地表现溶剂而直接表现平均效果，便于计算自由能，避免动力学

很长时间采样。

不需要显式水的预平衡过程。

适用PH模拟、REMD等方法。

适合计算能量面，结果比较光滑，的水会带来噪音，溶剂的、碰撞使主体

分子产生许多能量局部极小点。等等……

总体来说，隐式(implicit)水模型相对于显式(explicit)水模型，是一个离散化到连续

化的过程。溶剂模型的近似关系如下（越左边越，越右边近似程度越大）：

显式溶剂模型–隐式溶剂模型–明确拆分为静电、非极性贡献–PB–GB

溶质分子在溶剂环境下的总能量Etot=溶剂化能deltaG(solv)+相同构象但是在真空

中的能量Evac。

deltaG(soV)=deltaG(elec)+deltaG(nonpolar)=deltaG(elec)+deltaG(vdw)+

deltaG(cavity)

注：有时明确包含氢键项等近程强相互作用，但一般算进deltaG(elec)。另外，在

真空和溶剂环境下，相同构象的溶质的振动模式改变（以低频为主）对配分函数的

影响而导致的自由能变也应当加进去，但是由于难以计算，比较耗时，结果亦

确，而且对自由能贡献很小，所以一般不考虑。至于在两种环境下同构象溶质的平

动、转动变化对配分函数的影响以及P*delta(a(V)项引入的自由能变，则完全忽略。

对于可极化力场，溶剂对溶质的极化作用造成的能变也算进在deltaG(solV)里。

其中deltaG(elec)就是溶剂环境下的静电作用能与真空下的静电作用能之差，主要

包括溶剂与溶质间的静电作用，以及溶剂对溶质原子之间静电作用的效果。

deltaG(nonpolar)就是除此以外，即体系各原子皆无电荷时，溶剂环境与真空环境下

能量之差。它又分为deltaG(vdw)和deltaG(cavity)。deltaG(vdw)是溶质与溶剂的范

德华作用，由于范德华作用随距离衰减快，所以只考虑第一溶剂化层的溶剂，此项

造成能量降低。deltaG(cavity)表现的是溶质反抗溶剂形成的做功以及溶质

周围溶剂（第一溶剂化层为主）的重构造成的熵罚（溶剂在溶质表面会变得有序导

致熵减小），此项造成能量升高。

因为deltaG(nonpolar)的两项都主要涉及第一溶剂化层，它正比于SASA（溶剂可及

表面积），故最简单、常用的表达是a*SASA+b，比例系数a（有时也称为表面

张力参数）由拟合实验值得到，一般为7.2cal/mol/Å^2，b一般为0，这样计算结

果可以重现碳氢化合物的水和能。也有其它一些隐势溶剂模型使用的表达式是Σ

a(i)SASA(i)，即不同类型原子使用不同的表面张力参

数，然后乘以每个原子的SASA，最后加和，结果比全部原子使用相同表面张力参

数一般更为准确。另有其它更严格的方案计算，比如包括溶积、溶质直径、溶

剂密度等信息在内的方程，还有比如deltaG(vdw)通过对SAS的积