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猪常见六种致病菌基因芯片检测技术的构建与验证

一、引言

1.1研究背景

生猪养殖产业在我国农业经济中占据着举足轻重的地位，是保障肉类供应和农民增收的关键产业。近年来，我国生猪养殖规模持续扩大，2024年上半年，全国生猪出栏36395万头，尽管出栏量有所下降，但整体规模依旧庞大；二季度末，全国生猪存栏41533万头，环比增长1.7%，显示出产能的逐步恢复。2024年养殖行业前十强的市场占有率首次突破25%，规模化进程不断推进。

然而，随着养殖规模的扩大和集约化程度的提高，猪群面临着日益严峻的致病菌感染威胁。大肠杆菌、猪链球菌、副猪嗜血杆菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌和魏氏梭菌等六种常见致病菌，常常引发猪群的各类疾病，严重影响猪的健康和生产性能。大肠杆菌可导致仔猪黄痢、白痢和水肿病，其中黄痢常见于7日龄内仔猪，发病率能达到90%、死亡率达到50%；白痢主要发生于10-30日龄仔猪，发病率达到80%，死亡率达到50%；水肿病大多发生在仔猪断奶后的1-2周，病死率相对较高，猪群死亡率可能从不易察觉的1%-3%到极端水平的50%-90%。猪链球菌感染可引起脑部（脑膜炎）和其他组织器官（败血症）产生病变，刚断奶的仔猪是最易感的阶段，病猪可能会突然死亡，或患有脑膜炎的猪群可能会发生抽搐，而后在断奶后的前三个星期内出现死亡。副猪嗜血杆菌主要感染2周龄至4月龄的猪只，尤其是断奶前后和保育期的仔猪，发病率一般为20%-30%，严重时死亡率可达50%以上。

传统的猪致病菌检测方法，如细菌培养法、免疫学检测法和常规PCR检测法，存在着诸多局限性。细菌培养法操作繁琐、耗时较长，一般需要24-48小时甚至更长时间才能获得结果，且对样本的采集和处理要求较高，容易受到污染，导致检测结果不准确；免疫学检测法虽然具有一定的特异性和敏感性，但需要制备特异性的抗体，成本较高，且存在交叉反应的问题，影响检测的准确性；常规PCR检测法虽然具有较高的敏感性和特异性，但一次只能检测一种或少数几种病原菌，难以满足对多种病原菌同时检测的需求，且操作过程较为复杂，需要专业的技术人员和设备。

因此，开发一种快速、准确、高通量的猪致病菌检测技术迫在眉睫。基因芯片检测技术作为一种新兴的分子生物学技术，具有高通量、并行性、微型化、自动化、准确快速、多功能及防止污染等优点，能够在一张芯片上同时对多种病原菌进行检测，大大提高了检测效率和准确性，为猪致病菌的检测提供了新的思路和方法。

1.2研究目的与意义

本研究旨在构建一种能够同时检测猪的六种常见致病菌（大肠杆菌、猪链球菌、副猪嗜血杆菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌和魏氏梭菌）的基因芯片检测技术，并对其进行验证和优化。通过筛选特异性的靶基因和设计高效的探针，优化芯片的杂交条件和检测流程，建立一套稳定、可靠的基因芯片检测体系。

该研究具有重要的理论和实际意义。在理论上，有助于深入了解猪致病菌的分子生物学特性和致病机制，为进一步研究猪病的发生发展提供基础。在实际应用中，能够为猪病的早期诊断和防控提供有力的技术支持，及时准确地检测出猪群中的致病菌感染，有助于养殖场采取针对性的防控措施，减少疾病的传播和扩散，降低猪群的发病率和死亡率，提高养殖效益；有助于合理使用抗生素，减少抗生素的滥用，降低细菌耐药性的产生，保障猪肉产品的质量安全和公共卫生安全；有助于推动生猪养殖产业的健康可持续发展，促进农业经济的增长。

1.3国内外研究现状

在国外，基因芯片技术在猪致病菌检测方面的研究开展较早，并且取得了一定的成果。有研究利用基因芯片技术对猪呼吸道病原菌进行检测，能够快速准确地鉴定出多种病原菌，为猪呼吸道疾病的诊断提供了新的方法；还有研究开发了针对猪肠道病原菌的基因芯片检测技术，实现了对多种肠道致病菌的同时检测，提高了检测效率和准确性。然而，目前国外的基因芯片检测技术主要集中在少数几种病原菌的检测，对于多种常见致病菌的同时检测还存在一定的局限性，且检测成本较高，限制了其在实际生产中的广泛应用。

在国内，近年来基因芯片技术在猪致病菌检测领域的研究也日益受到关注。一些研究团队通过设计特异性的探针和优化杂交条件，成功构建了用于检测猪常见致病菌的基因芯片，如对仔猪常见致病菌的检测芯片研究，初步建立了部分致病菌的检测方法。但这些研究大多处于实验室阶段，尚未形成成熟的产品和标准化的检测流程，在临床应用中还需要进一步验证和完善。此外，国内的基因芯片检测技术在检测灵敏度、特异性和稳定性等方面与国外先进水平相比仍有一定差距。

总体而言，目前国内外在猪致病菌基因芯片检测技术方面已经取得了一些进展，但仍存在许多问题和挑战需要解决，如检测的病原菌种类有限、检测成本较高、检测灵敏度和特异性有待提高等