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基于SSR标记的桃矮生及果实扁平基因鉴定与分析

一、引言

1.1研究背景与意义

桃（Prunuspersica）作为蔷薇科桃属的重要果树，在全球水果产业中占据着重要地位。中国作为桃的起源地，拥有悠久的栽培历史和丰富的种质资源，目前是世界上最大的桃生产国，种植面积和产量均位居世界首位。近年来，桃产业发展迅速，2001-2023年，桃种植面积从678万亩增长到1240万亩，年均增幅为2.8%，2023年桃产量超过1600万吨，其中近10年来增产400万吨，增幅约为36%，桃增产的主要动力已经从面积扩张转为单产的提升。随着人们生活水平的提高，消费者对桃的品质和外观要求也越来越高。

矮生和果实扁平是桃树上的两个重要性状，对于桃树的品质和产量有着至关重要的影响。矮生品种可以减缓生长期，缩短枝条距离，使得枝叶旺盛，生长状况更好，而且可以减少果木的修剪和人工管理成本，更适合进行密植栽培，提高土地利用率。浅凹扁平果即蟠桃，其独特的形状对于果实的美观性和口感都有很大的影响，往往更受消费者青睐。蟠桃扁平果形受位于第6号染色体上S位点的单基因控制，研究发现，S位点下游长度达1.7Mb的大片段染色体的位置颠倒是形成蟠桃扁平果形的遗传基础。

利用现代生物技术鉴定桃树中的矮生和扁平果基因，可以为桃树品种的选育和培育提供重要的理论和实践基础。简单重复序列（SimpleSequenceRepeat，SSR）标记，也被称为微卫星DNA，具有多态性丰富、重复性好、检测方便、共显性、标记覆盖整个基因组且均匀分布等特点，已成为分子育种中最重要的遗传标记之一。因此，本研究旨在利用SSR标记鉴定桃矮生、果实扁平基因，这对于加速桃树育种进程、培育优良品种具有重要意义，也能进一步提高果树品种的质量、产量和经济效益，促进果树产业健康发展。

1.2国内外研究现状

在桃矮生基因研究方面，国外学者Yamamoto等早在2001年就对桃矮生性状的遗传进行了研究，初步认为桃矮生性状受一对等位基因控制，且普通型对矮生型为显性。国内学者马瑞娟、牛良等也在相关研究中得出了类似结论。利用矮生型进行密植栽培是桃树生产发展的一个重要方向，张好艳等利用SRAP标记技术对控制桃高/矮性状的基因进行分子定位，获得了一个与高/矮性状连锁距离为3.2cM的SRAP标记。

对于桃果实扁平基因的研究，中国科学院武汉植物园果树分子育种学科组发现，蟠桃扁平果形受位于第6号染色体上S位点的单基因控制，S位点下游长度达1.7Mb的大片段染色体的位置颠倒是形成蟠桃扁平果形的遗传基础，证实了蟠桃起源于中国。

在SSR标记应用方面，国内外已广泛将其用于桃的遗传多样性分析、品种鉴定等研究。如叶宇芸等利用NCBI数据库中桃的EST信息开发SSR引物，分析了成都平原主栽桃品种的遗传多样性；魏姗姗等利用筛选出的18对SSR分子标记引物，对95份桃育成品种进行微卫星标记，分析了桃品种的遗传多样性。

然而，当前研究仍存在一些不足和空白。在桃矮生和果实扁平基因的鉴定中，利用SSR标记进行精准定位和分析的研究还相对较少，对于矮生和果实扁平基因之间的相互作用以及它们与其他农艺性状基因的关系也有待进一步深入探究。

1.3研究目标与内容

本研究的目标是利用SSR标记鉴定桃矮生、果实扁平基因，并对鉴定结果进行分析和应用，为桃树品种选育和培育提供重要的理论和实践基础。

具体研究内容包括：

SSR标记设计：根据已有的基因信息和参考文献，选择合适的SSR标记进行设计，并对设计的SSR标记进行实验验证，确保其在实验中的稳定性和可靠性。

DNA提取和PCR扩增：准备好所需试剂和仪器，优化实验条件，提取桃树基因材料并进行PCR扩增，确保提取到高质量的DNA和较好的扩增结果。

鉴定和分析基因型：提取PCR产物并进行电泳检测，确定样品的基因型信息，并根据此结果进行基因型分析和比对。

数据分析和结果评价：对鉴定结果进行数据分析和结果评价，并通过比对已有的研究成果，评价新鉴定结果的可靠性和重要性。

1.4研究方法与技术路线

本研究采用文献研究法，查阅国内外相关文献，了解桃矮生、果实扁平基因研究以及SSR标记应用的现状和进展，为实验设计提供理论依据。运用实验法，进行SSR标记设计、DNA提取、PCR扩增、基因型鉴定和分析等实验操作。

技术路线如下：

实验材料准备：选取具有矮生和果实扁平性状的桃树品种及对照品种，采集叶片等组织材料。

SSR标记设计与验证：依据文献和基因信息设计SSR标记，并通过预实验验证其稳定性和可靠性。

DNA提取与PCR扩增：采用合适