从深度测序数据中发现microRNAs：miRDeep算法应用与验证.pdfVIP

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高通量技术能够以前所未有的深度检测小RNA，这表明它以及454LifeSciences/Roche的平台，可以比快几个

们在系统性鉴定microRNAs（miRNAs）方面的价值。然而，数量级且成本更低地进行，并且这些平台的发展速度

从单次深度运行中大量的转录本中鉴定miRNAs仍然如此之快，未来几年内速度至少再提高一个数量级似乎是

是一个重大。在这里，我们介绍了一种算法miRDeep，可能的。虽然Solexa/Illumina系统可以在一次运行中产生~32

该算法使用miRNA生物发生的概率模型来评分RNA的位百万个读段，但读长目前限制在35bp。相比之下，当前的

置和频率与miRNA前体二级结构的兼容性。我们使用已454平台产生的读段长度可达200个碱基，但读段数量比

的秀丽隐杆线虫数据以及我们通过深度人类和狗的RNA生Solexa/Illumina少一个数量级。错误的性质也进一步导

成的数据，展示了其准确性和稳健性。miRDeep报告了总共致了这两种方法输出特征的不同。

~230个先前未注释的miRNAs，其中四个新的C.elegans尽管这两种技术都能以前所未有的通量对miRNA进序

miRNAs通过Northern印迹分析得到验证。和检测，但深度带来了巨大的计算，并且受到小

RNA等偏倚的影响。即使将深度读段映射到