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基于优化模型的蛋白质结构相似性度量与分析：方法、应用及挑战

一、引言

1.1研究背景与意义

蛋白质作为生命活动的主要承担者，广泛参与细胞代谢、信号传导、免疫防御等关键生命过程，对维持生物体正常生理功能起着不可或缺的作用。蛋白质的结构决定其功能，深入研究蛋白质结构不仅是理解生命现象本质的关键，也是众多生命科学领域研究的核心内容。

在药物研发领域，随着现代医学对疾病发病机制研究的深入，基于蛋白质结构的药物设计成为开发新型药物的重要策略。通过精确解析药物作用靶点蛋白质的三维结构，能够从分子层面理解药物与靶点之间的相互作用模式，从而有针对性地设计出与靶点结合紧密、特异性高且副作用小的药物分子。例如，