多态性和分子进化.pptVIP

分子进化常用方法;大纲;大纲;Picturecomeform:/index.html;随着基因组数据的不断丰富，比较基因组学也在蓬勃发展。;大纲;MP最大简约法（maximalparsimony）;ML最大似然法（maximallikelihood）;大纲;进化选择压力Ka/Ks;SNP的分类;Ks=同义突变SNP数/同义位点数

Ka=非同义突变SNP数/非同义位点数;检测序列的功能性（funcionalorpseudo）

筛选正在快速进化的基因（rapidevolution）

Ks可以反映事件发生的时间（age）;检测序列的功能性;筛选快速进化的基因;水稻segmentalduplication时间的定义：根据水稻的中性突变率6.5?10-9，

当ks为0.69时，事件发生的年代是大约53Mya。;大纲;分子进化领域常用软件;简介：

Phylip程序包是常用的进化树计算软件,有华盛顿大学,美国科学院院士loefelsenstein编写,其中包括30个左右的程序,详细说明书和下载信息见:/phylip.html

程序运行：

各个独立的程序多为交互式操作模式，如要运行某个程序可以直接键入程序名称，然后按照程序的提示操作即可。

;输入格式;常用程序说明：

Dnaml：基于dna序列，应用最大似然法（maximallikelihood），构建系统发