2025年线性代数药物重定位中的相似性计算试题.docVIP

2025年线性代数药物重定位中的相似性计算试题

一、药物分子结构相似性计算

（一）分子指纹与Tanimoto系数

已知药物A的分子指纹向量为x=[1,0,1,1,0,1,0,0]，药物B的分子指纹向量为y=[1,1,0,1,0,1,1,0]，计算两者的Tanimoto系数并判断结构相似性。

解答步骤：

计算向量内积：x·y=1×1+0×1+1×0+1×1+0×0+1×1+0×1+0×0=1+0+0+1+0+1+0+0=3

计算向量模长平方和：|x|2+|y|2-x·y=(1+0+1+1+0+1+0+0)+(1+1+0+1+0+1+1+0)-3=4+5-3=6

Tanimoto系数T=x·y/(|x|2+|y|2-x·y)=3/6=0.5

结论：当T0.5时认为结构相似，故药物A与B具有中等结构相似性。

（二）MOL2VEC嵌入与余弦相似度

药物C的SMILES结构经MOL2VEC转换为低维向量u=[0.2,-0.5,0.3,0.1,-0.2]，药物D的向量为v=[0.1,-0.4,0.4,0.2,-0.1]，计算余弦相似度并分析生物学意义。

解答步骤：

向量内积：u·v=0.2×0.1+(-0.5)×(-0.4)+0.3×0.4+