R包genefinder：如何找到与特定基因表达谱相似基因.pdfVIP

如何找到与指定表达谱相似的

介绍

在某些情况下，您有一些感的，并希望找到与其他接近的。这可以通过使用

genefinder函数来完成。

您需要指定您感的的索引位置（在表达数组中的哪一行）或名称（与ExpressionSet的featureNames一

致）。

可以指定一个名称向量，并计算所有匹配项。匹配的数量和使用的距离度量都可以指定。示例将

使用人工数据集sample.ExpressionSet进行。

genefinder的另外两个选项是scale和method。scale选项控制行的缩放（这通常是需要的），

而method选项控制之间使用的距离度量。可能的值及其含义列在本文档的末尾。

library(Biobase)library(genefilter)

data(sample.ExpressionSet)igenes-c(300,333,355,419)##

感的closeg-genefinder(sample.ExpressionSet,

igenes,10,+method=euc,scale=none)

name