《生物信息学》BLAST数据库检索 教学课件.pptx

回顾——数据库搜索;回顾——双序列比对;课堂练习;矩阵集合-----PAM-N

如，PAM60矩阵用于比较相距60个PAM单位的序列。计算方法是PAM1自乘60次。;BLOSUM62;;序列相似性搜索;主要内容;一、BLAST简介与意义;网站上的简单说明;BLAST的应用;;数据库搜索相似序列的算法;BLAST;二、BLAST算法;这个算法可以描述为3个步骤;BLOSUM62;;;“字”对命中后，向两端延伸，一直到得分（按照某个打分矩阵）下降到某个阈值，由此就得到一定长度的保持最好得分的序列串，称高记分片段对（high-scoringpair,HSP）。;搜索量;;BLAST算法小结;