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新药研发流程与质量控制手册

第1章药物发现与先导化合物筛选

1.1靶点识别与功能验证

靶点识别是药物发现的起点，主要依据基因组学数据、蛋白质组学分析及文献调研，利用结构生物学软件（如AlphaFold）预测疾病相关蛋白的三维结构，精准定位致病突变位点，从而确立具体的生物医学靶点。通过特异性抗体或酶抑制剂，在体外细胞系统中（如HEK293细胞）进行包被实验，观察靶点蛋白表达水平的变化，确认靶点在特定疾病模型中的功能缺失或过表达状态。

利用基因敲除小鼠（如敲除CDK1基因）构建疾病模型，观察其肿瘤发生、增殖及代谢特征，验证靶点参与疾病发生发展的核心作用，为后续药物设计提供生物学依据。在细胞培养体系中，使用放射性同位素标记的配体探针，检测靶点蛋白对配体的结合亲和力（$K_d$值）及亲和力常数（$K_{i}$值），量化靶点与配体的相互作用强度。通过WesternBlot技术检测靶点蛋白在正常细胞与癌变细胞中的表达差异，筛选出表达量显著下调（降低50%以上）的靶点，确认其作为药物干预对象的特异性。

结合分子动力学模拟（MD），分析靶点蛋白在不同pH值或离子强度下的构象变化，预测配体结合口袋的几何形状与化学性质，优化筛选策略。

1.2化合物库构建与结构筛选

基于靶点结构，利用计算机辅助药物设计（CADD）工具具有互补结合口袋的虚拟化合物库，筛选出能与靶点形成氢