R包Windows查询数据方法与应用.pdfVIP

如何：查询数据

杰夫·根特里和根特尔曼

1概述

本文演示了如何利用的查询数据资源的工具。这些工具依赖于其他机

构（如NLM和NCBI）并记录适当的网络接口。这里描述的工具允许您检

索数据（通常为XML格式）或在本地机器的浏览器中呈现数据。为此，您需

要Biobase、XML和annotate包。本文中的功能首次在（Gentleman和

Gentry，2002）中描述，尽管自该文章撰写以来已进行了一些增强。

组装和使用元数据注释是一项非trivial的任务。在Bioconductor项目中，

我们开发了支持两种不同方法元数据的工具。一种是基于从各种获取

数据、对其进行整理并将其打包成适合分析微阵列数据的形式。第二种方法是

利用NLM和NCBI等的资源。本指南中描述的函数了第二种元数

据使用的基础设施。

我们首先描述允许用户指定查询并打开其本地机器上相应网页的功能。然

后，我们探讨NLM的更丰富的工具集，用于和处理PubMed数据。

2使用浏览器

目前有四个功能可以