数据降维与主成分分析：质控、化及聚类方法.pdfVIP

2.7.1+质控+

#安装并加载所需包

library(sctransform)

#加载pbmc3k示例数据

############质控+

#创建Seurat对象，质控+：

############查看（可选）

#可以通过VariableFeatures查看：

#通过VariableFeaturePlot和LabelPoints可视化：

2.7.2主成分分析

############主成分分析（PCA）

#可通过DefaultAssay或pbmc@active.assay查看当前激活的assay：

#由于SCTransform已经进行了ScaleData和FindVariableFeatures步骤：

#如前所述，PC是不同的线性组合：

#可以通过VizDimLoadings函数查看每个PC上不同的比重：

#Dimplot绘制pca图：

#可以通过绘制不同主成分上的热图，判断各主成分对数据变异的贡献大小：

为了确定到底该选多少个PC进行