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用于精确预测环状RNA反向剪接接头的计算管道

为了全面地以高置信度映射反向剪接连接读段，从hESCsH9poly(A)–/

Ribo–RNA‑seq（GEO：GSE24399和GEO：GSE60467），hESCsH9

RNaseR处理的poly(A)‑/Ribo‑RNA‑seq（GEO：GSE48003），或小鼠

ESCsR1poly(A)–/Ribo–RNA‑seq（GEO：GSE53942和GEO：GSE60467）

数据集中分别采用了两步映射策略（CIRCexplorer）。每个样本的序列读段

首先使用TopHat（Kim等，2013）（TopHat2.0.9（参数：‑a6‑‑

microexon‑search‑m2）对GRCh37/hg19人类参因组或

NCBI37/mm9小鼠参考组进行多重映射，使用UCSCGenes注释（人类：

hg19knownGene.txt更新于2013/6/30，小鼠：mm9knownGene.txt更

新于2011/5/30）。未映射的读段随后被提取并使用TopHat‑Fusion（Kim

和Salzberg，2011styleid=

与其他比对工具在反向剪接接头预测中的比较

ComputationalPipelinetoPreciselyPredict

Back-SplicedJuncti