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基于图神经网络的药物生物利用度预测结题报告

一、研究背景与问题提出

药物生物利用度（Bioavailability,F）是指药物经血管外给药后，被吸收进入血液循环的相对量和速度，是评价药物制剂质量的核心指标之一。据统计，超过40%的候选药物因生物利用度不足而在临床试验阶段失败，这不仅造成了巨大的研发资源浪费，也严重延缓了新型药物的上市进程。传统的生物利用度预测方法主要依赖体外实验和动物模型，存在周期长、成本高、预测精度有限等问题。例如，Caco-2细胞模型虽然被广泛用于药物吸收研究，但仅能模拟肠道上皮细胞的单层吸收过程，无法完整复现体内复杂的生理环境；动物实验则面临种属差异的挑战，其结果往往难以直接外推至人类。

随着人工智能技术的快速发展，机器学习和深度学习方法在药物研发领域的应用日益广泛。早期的机器学习模型，如支持向量机（SVM）、随机森林（RF）等，虽然能够基于药物的分子描述符进行生物利用度预测，但这些方法大多将药物分子视为孤立的特征向量，忽略了分子内部原子间的拓扑结构和相互作用，难以捕捉药物分子的三维空间信息和生物活性位点。图神经网络（GraphNeuralNetworks,GNNs）作为一种专门处理图结构数据的深度学习框架，能够直接以药物分子的图结构（原子为节点，化学键为边）作为输入，通过消息传递机制学习分子的局部和全局特征，为药物生物利用度的精准预测提供了新的技术