生物信息学差异基因分析模型优化方法研究.pdfVIP

表格

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边框‑折叠:

折叠;

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表格,

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边框:

1px

实线

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}

在接下来的几节课中，探讨旨在克服简单假设检验框架局限性的现代数据分析方法。我们讨论了差

异丰度估计的问题。

具体而言，以下是我们正在解决的三个问题（参见斜率）。

1

由于未建模样本量导致的不稳定方差估计会降低差异丰度的排序效果。

2

参数假设（如t检验）并不适用

3

多重检验

针对每种方法研究以下途径

1

经验贝叶斯方法

2

置换检验方法

3

多重检验校正

测试修订：

基于线性模型使用以下符号表示

目标：找出在A组（如休眠病原体）与B组（如繁殖期病原体）中存在差异丰度的。

我们可以将g在样本i中的表达建模为

EY = μ+β+ε

gggg

2

其中

ε ∼ N(0, σ)

且

是一个指示变量gg

$$

x

_{i}

=\left\{

\begin{array}{l

l}

1

\mathrm

{若符合条件B}

\\

0

\mathrm

{其他情况}

\end{array}

\right.

$$

其中

{x,

y}

是差异的估计值

重复