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基于几何深度学习的蛋白质-配体亲和预测结题报告

一、研究背景与问题提出

蛋白质-配体亲和性是药物研发领域的核心问题之一，它直接决定了药物分子与靶点蛋白质结合的强度和特异性，是筛选先导化合物、优化药物分子结构的关键依据。传统的实验测定方法如等温滴定量热法（ITC）、表面等离子体共振（SPR）等，虽然准确性高，但存在操作复杂、成本高昂、周期漫长等缺陷，难以满足大规模药物分子筛选的需求。

随着计算机技术的发展，计算生物学领域涌现出多种蛋白质-配体亲和预测方法，包括基于分子对接的方法、基于定量构效关系（QSAR）的方法以及传统机器学习方法。然而，这些方法均存在明显局限性：分子对接方法依赖于蛋白质和配体的三维结构精度，且难以准确描述分子间的非共价相互作用；QSAR方法仅考虑配体的二维结构信息，忽略了蛋白质与配体之间的空间互补性；传统机器学习方法如支持向量机、随机森林等，无法有效捕捉分子结构的几何特征和复杂的空间关系，导致预测精度受限。

近年来，深度学习技术在生物信息学领域取得突破性进展，尤其是几何深度学习（GeometricDeepLearning）的出现，为处理具有非欧几里得结构的数据提供了新的思路。蛋白质和配体的三维结构本质上是不规则的几何图形，传统深度学习方法基于欧几里得空间设计，难以有效处理这类数据。几何深度学习通过图神经网络（GNN）、几何卷积神经网络等模型，能够直接对分子的三