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基因富集分析实验报告

一、实验背景与目的

基因富集分析（GeneEnrichmentAnalysis,GEA）是一种用于解析高通量测序数据（如RNA-seq、ChIP-seq）的生物信息学方法，通过将差异表达基因映射到预先定义的功能基因集合（如GO、KEGG、Reactome等数据库），挖掘基因背后的生物学功能和信号通路。本实验以某肿瘤细胞系经药物处理后的RNA-seq数据为研究对象，旨在：

筛选药物处理前后的差异表达基因（DifferentiallyExpressedGenes,DEGs）；

对差异基因进行功能富集分析，揭示药物作用的潜在分子机制；

验证富集分析结果的可靠性，为后续实验验证提供理论依据。

二、实验材料与方法

（一）实验材料

测序数据：某肿瘤细胞系（A549）分别经药物X处理24小时（实验组，n=3）和等量溶剂处理（对照组，n=3）的RNA-seq原始测序数据，由IlluminaNovaSeq平台测序，每个样本产生约15G的PE150数据。

数据库资源：

GO数据库（GeneOntology）：包含分子功能（MolecularFunction,MF）、细胞组分（CellularComponent,CC）和生物过程（BiologicalProcess,BP）三个ontology；

KEGG数据库（KyotoEncyclopediaof