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基因组序列注释的方法

一、基因组序列注释以基因组序列为基础,确定全基因序列中基因的确切位置

二、注释的方法根据开放阅读框（ORF)预测起始密码子ATG：第一个ATG的确定依据Kozak规则，所谓Kozak规则，即第一个ATG侧翼序列的碱基分布所满足的统计规律：

若将第一个ATG中的碱基A，T，G分别标为1，2，3位，则Kozak规则可描述如下：第4位的偏好碱基为G;ATG的5’端约15bp范围的侧翼序列内不含碱基T;在-3，-6和-9位置，G是偏好碱基;除-3，-6和-9位，在整个侧翼序列区，C是偏好碱基

终止密码子:终止密码子:TAA,TAG,TGAGC%=50%终止密码子每64bp出现一次；GC%50%终止密码子每100－200bp出现一次；由于多数基因ORF均多于50个密码子，因此最可能的选择应该是ORF选择不少于100个密码子。

细菌基因组的ORF阅读相对比较简单,错误的概率较少,但单纯的ORF扫描对高等真核生物DNA效果不佳。内含子使ORF扫描复杂化

对ORF扫描的基本程序的编写要考虑以下几个问题:a、密码子偏倚编码同一氨基酸的不同密码子称为同义密码，其差别仅在密码子的第3位碱基不同。

特定生物体的基因中并不是所有密码子的使用频率都是平等的。如Leu的密码子有6个（T