eDNA监测测序数据分析注释中参考数据库选择、指标阈值选择、目标数据准备的影响——以长江中游鱼类为监测目标.pdfVIP

Ｊ．ＬａｋｅＳｃｉ．（湖泊科学），２０２４，３６（６）：１８４３⁃１８５２

ＤＯＩ１０１８３０７／

©２０２４ｂｙＪｏｕｒｎａｌｏｆＬａｋｅＳｃｉｅｎｃｅｓ

ｅＤＮＡ监测测序数据分析注释中参考数据库选择、指标阈值选择、目

标数据准备的影响———以长江中游鱼类为监测目标∗

１，２１∗∗１１

许兰馨，杨海乐，刘志刚，杜浩

（１：中国水产科学研究院长江水产研究所，农业农村部淡水生物多样性保护重点实验室，武汉４３０２２３）

（２：南京农业大学无锡渔业学院，无锡２１４０００）

摘要：在基于宏条形码（ｍｅｔａ⁃ｂａｒｃｏｄｉｎｇ）的ｅＤＮＡ监测技术中，ｅＤＮＡ测序数据的分析和注释是决定监测结果判断和评

估精准与否的基础，而参考数据库选择、指标阈值选择、目标数据准备是ｅＤＮＡ测序数据分析和注释中最为关键的３个技

术环节。为厘清上述３个技术环节处理方案的影响，本研究以长江中游２组ｅＤＮＡ监测ＣＯＩ基因测序数据为分析对象，

针对鱼类的检出进行３组实验来分别检验：１）不同参考数据库及物种注释算法对注释结果的影响；２）不同ＯＴＵ聚类序列

相似度和物种注释分类置信度（序列一致性和序列覆盖度）对注释结果的影响；３）目标数据中各物种不同序列丰富度对

注释结果的影响