生物信息学8.pptVIP

* 课程名称: 生物信息学 Bioinformatics 主 讲 人：刘 顺 会 所在单位：生命科学与生物制药学院 G: 系统发育学 G1. 系统发育学、遗传分类学和存在论 G2. 构建系统发育树 G3. 大分子序列进化 G1. 系统发育学、遗传分类学和存在论 物种间的相似性和差异性可以被用来推断进化关系（系统发育学）。这是因为，如果两物种非常相似，它们可能拥有一个新近的共同祖先。 确定生物体间进化关系的科学分支即系统发育学。 研究系统发育学有三种方法： 表现型分类法 --- 将表型相象的物种归类在一起，所有的特征都要被考虑到。 遗传分类法 --- 具有共有起源特征的物种归类在一起，也就是说，这些特征并没有出现在离它们较远的祖先特征中。 研究系统发育学有三种方法： 进化分类法 --- 该方法综合了表现型分类法和遗传分类法的原理。 研究系统发育学有三种方法： 系统发育分析 许多不同的特征能够用于系统发育的分析中，但是核苷酸和蛋白质序列是最为常用的，因为它们为所有的生命形式所共有（允许研究关系密切或疏远的类别），而且可以客观地比较。 序列间的相关性可以使用序列比对算法客观地量化。这即是生物信息学在系统发育学中所起的重要作用。 序列系统发育分析背后的简单原理是：两条序列间相似度越高，从一条序列变成另一条序列所需要的突变就越少，因而它们拥有的共同祖先就越近。 然而，从这类分析得出的任何进化关系必须假定：所比较的序列存在不变的突变率并且没有差异选择。但是这些条件实际上很难达到。 系统发育分析 系统发育树 系统发育树是一种显示进化关系的简单方法，物种由节点（nodes）表示，遗传路径由枝（links）来表示。 B A D E C O C H G O C H G F H C G O 无根树 系谱图（phylogram） 有根树 祖先节点 终端节点 二叉的 系统发育树（黑猩猩、大猩猩、人类和猩猩） 分类图（cladogram） 三分点 G2. 构建系统发育树 系统发育树可以从相似度表（ similarity tables ）或距离表（ distance tables ）中构建而来。 这些表显示了生物体中一套给定特征间的相似性，采用匹配的百分比（相似度表），或者差异的百分比（距离表）来表示。 相似度表和距离表 a b c d e a b c d e a 100 65 50 50 50 a 0 6 11 11 11 b 65 100 50 50 50 b 6 0 11 11 11 c 50 50 100 97 65 c 11 11 0 2 6 d 50 50 97 100 65 d 11 11 2 0 6 e 50 50 65 65 100 e 11 11 6 6 0 Similarity table distance table 三种建树方法 距离矩阵法：Distance matrix methods 最大简约法：Maximum parsimony methods 最大似然法：Maximum likelihood methods Distance matrix methods: 通过距离矩阵方法可以选择距离矩阵中两条最密切相关的类，再将它们聚类。重复此过程直到仅剩一个类。 不加权的算术平均组对法(UPGMA)由于其简单性而比较流行。 因为每个候选是同等加权的，距离则被计算为简单的平均值。 三种建树方法 三种建树方法：距离矩阵法 三种建树方法 邻位相接法 Maximum parsimony methods: 最大简约法依据在任何位置将一条序列转变成另一条序列所需突变的最少数量来对序列进行比较和聚类。最终的系统发育树基于整条序列所需的变化总数。 必须进行多序列比对 三种建树方法：最大简约法 Maximum likelihood methods: 该方法计算序列中每个位置的一个给定序列变化的可能性，最可靠的树为总的可能性最大的那棵。 必须进行多序列比对 三种建树方法 建树软件 PAUP (phylogenetic analysis using parsimony) PHYLIP (phylogenetic inference package) *