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增值税专用发票的计算机交叉稽核
(一)专用发票防伪税控系统
从1994年开始，我国陆续在全国范围内试点实行增值税专用发票防伪税控系统，1998年这一系统的适用范围已扩大到开具10万元版专用发票的企业，并且计划在适当时候对所有增值税专用发票全部推行防伪税控系统。具体部署是：
1.自2002年1月1日起，所有增值税一般纳税人必须用防伪税控系统计算机开具万元以上的增值税专用发票，并自2002年4月1日起停止抵扣手写万元票。
2.自2003年1月1日起，所有增值税一般纳税人必须用防伪税控系统计算机开具全部增值税专用发票，同时全国统一废止手写票，并自2003年4月1日起停止抵扣所有手写票。
目前，符合《增值税专用发票使用规定》中关于准许利用计算机开具专用发票条件，而且经常存在每笔销售额达10万元以上经济业务的企业，方可纳入防伪税控系统。被纳入系统后的企业，一律使用防伪税控系统开具专用发票，原手工专用发票和电脑专用发票不得再行使用。如未通过防伪税控系统向购货方开具专用发票的，属偷税行为，税务机关将依法予以处罚。企业需要向购货方开具红字发票的，必须在符合《增值税专用发票使用规定》中有关销货退回及索取折让开具红字发票规定的前提下，改用防伪税控系统开具负数发票，即在“合计”栏以负数表示，价税合计(大写)数前打印“负数”字样。
经税务机关防伪系统认证无误的专用发票抵扣联，必须在符合增值税征收管理有关规定的条件下，企业方可作为扣税的凭证。对利用防伪税控系统开具的专用发票进行骗税的，税务机关有权停止其抵扣税款并依法予以处罚，对构成犯罪的，移送司法机关处理。
(二)专用发票协查系统
为加强增值税专用发票的管理，总局在全国推行增值税“生命线”“金税工程”。其中税务稽查的协查子系统是重要组成部分，其目前的主要任务是协助查证“金税工程”认证系统未通过的增值税专用发票。
协查信息系统的运行程序：收集委托协查信息一委托协查发出一受托协查回复一协查信息监控。
协查案件跨县(市)的由市(自治州)稽查局监控，跨市(自治州)协查的由省局稽查局监控，跨省(市、自治区)协查的由总局稽查局监控。
3.异地调查。根据案件稽查工作的需要，实施稽查的税务机关可以派员跨辖区进行异地实地调查。调查时，应当首先与拥有管辖权的主管税务机关取得联系，并在当地主管税务机关的协助下进行调查。有管辖权的税务机关对于其他税务机关进行异地调查的，应当给予支持和配合。
交叉稽查
计算机交叉稽核的原理是：将纳税人购货所取得的专用发票和销货方所开具的专用发票中的主要内容录入计算机交叉稽核系统，稽核系统将自动在全国范围内对每一笔经济业务的抵扣联和存根联进行查找配对，稽查出只有抵扣而没有存根联或只有存根联而没有抵扣联，以及抵扣联与存根联内容不相符的专用发票，然后对这些专用发票进行稽查，以其达到控制偷税、逃税、骗税的目的。
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