【毕业论文】3个RNA基因序列AF310622、AF308147和AF447394的获取及比对分析.doc

【标题】3个RNA基因序列AF310622、AF308147和AF447394的获取及比对分析 【作者】陈 芳 【关键词】生物信息学??核酸序列??序列比对 【指导老师】姚 启 伦 【专业】生物科学 【正文】1引言在宏观上讲生命是一个具有与环境进行物质交换和能量交换即具有新陈代谢、生长繁殖、遗传变异和对刺激作出反应的特性的物质系统。而在微观层面上生命又是由核酸和蛋白质特别是酶的相互作用产生的，可以不断繁殖的物质反馈循环系统。可见核酸和蛋白质对生命有着非常特殊的重要意义，作为生命最基本的物质之一，核酸是由核糖核酸（RNA）和脱氧核糖核酸（DNA）组成，DNA主要作为遗传物质，这是与它的双链结构分不开的，两链上的信息是互补的，G与C，A与T配对是特异和稳定的，从而可以保证信息忠实地代代传递。虽然RNA不作为主要的遗传物质，但在蛋白质的生物合成中却起着巨大的作用，于是两者共同作用于生物的遗传、发育等诸多方面[1]。RNA可细分为三类即信使RNA(mRNA)，转运RNA(tRNA)和核糖体RNA（rRNA），mRNA携带着遗传信息在蛋白质合成时充当模板，而tRNA具有携带并转运氨基酸的功能，rRNA是核糖体组成和行使功能的主要成分[2]（占总RNA含量的80%），三者协同作用一起完成蛋白质的合成。DNA是生物的主要遗传物质，蛋白质是生命活动的承担者，RNA是联系遗传物质和信息表达的中介，所以RNA是研究生物活动最好的分子[3]。随着人类基因组计划的实施，每天获得的实验数据呈指数上升，我们关心的是如何从这个汪洋大海里找到有意义的数据，首先就要能够清楚地回答这条序列包含了什么信息？是否存在类似序列？……在这种情况下生物信息学就应运而生，它集多个学科的优势于一体，大量的数据被分类在一定的数据库里，因此从数据库中获得特定的序列，通过多序列的相似性比对[4]分析其生物学含义，对于有效开发利用分子生物学数据库具有重要的指导作用。序列比对是生物信息学中最基本的方法之一，它是采用具有针对性的有效算法对两个或两个以上核酸序列进行比较，找出它们之间的最大相似性匹配，进而判断其是否具同源性。从真正的意义上来讲，比对的结果都代表着这些序列进化历史的明确假设，直接对序列的比较使得近来对基因序列的信息含量以及功能的了解有了新进展，所以序列的比对、比较成了生物信息学的基础[5]。相似性和同源性虽然在某种程度上具有一致性，但它们是完全不同的两个概念。相似性是一种很直接的数量关系，比如部分相同或相似的百分比或其它一些合适的度量，而同源性是指从一些数据中推断出两个基因在进化上曾具有共同祖先的结论，它是质的判断。基因之间要么同源，要么不同源，绝不像相似性那样具有多或少的数量关系。由于受到研究进化关系这一目的的影响，大多数比对方法很自然地都希望能够在某种程度上建立起分子进化的模型。我们通常都假定同源序列是从某一共同祖先不断变化而来，但事实上，我们无法得知这个祖先序列到底是什么样子，除非能够从化石中获得它的DNA，我们所能够做到的只是从现存物种中，探求真相。从祖先序列以来所发生的变化包括取代、插入以及缺失。在理想情况下，同源基因或蛋白质序列在相互比较时，残基之间相互对应，从而使取代的情况很明显地表现出来。在某些位置，一个序列中拥有某些残基而另一个序列中缺少这种残基，表明这些残基是插入到前者或是从后者中丢失的。早在1869年F.Miescher从脓细胞中提取到一种含磷丰富的酸性物质，由于它存在于细胞核中而被命名“核酸”。1944年Avery等为了寻找导致细菌转化的原因，通过从S型肺炎球菌提取的DNA与R型肺炎球菌混合致病后，证明了DNA是遗传物质。技术的进步和理论的创新会很在很大程度上推动科学研究的进展，1953年Watson和Crick借助X射线衍射DNA结晶的结果和Chargaff?规则，得出了DNA的双螺旋结构模型，进入了分子生物学时代。1958年Crick提出了著名的中心法则，揭示了核酸与蛋白质的内在关系。1965年R.W霍利等测定了第一个核酸-酵母丙氨酸转移核糖核酸的一级结构，此后，RNA一级结构的测定有了迅速的发展。1975年Sanger发明的DNA测序加减法为弄清核酸序列起了关键的作用，1977年大片段DNA顺序快速测定技术----Maxam和Gibert的化学降解和Sanger的末端终止法的诞生，成为核酸结构与功能研究中不可缺少的分析手段。1981年，Smith和Waterman提出了研究局部相似性区域的动态规划算法，后来许多算法都是基于这一算法开发和改进的。1985年FASTA算法和1990年BLAST算法以及多序列比对中最著名使用最广泛的CLUSTAL法的相继出现为序列比对提供了强大的动力。基因组计划的展开所产生的数据无疑使