真核基因的结构.pptVIP

真核基因的结构 人源真核生物基因结构特征 人源真核生物基因 人类基因编码的外显子比各自基因的长度要短 外显子平均长度200bp 编码和非编码外显子长度可以是几个到千个碱基 编码蛋白的外显子占整个基因的百分之几 各种重复子占人类DNA的41% 外显子占基因组序列的2-3% 计算识别的问题 低质量的识别会产生大量的假阳性预测 任何基于基因组成的识别方法通常能成功地用于识别原核生物的基因，无法识别真核基因的中短外显子 需要发展基于基因序列中编码功能信号的基因预测方法 识别功能信号的方法 搜索保守序列的非随机的相似性 位点特异性识别器 内容特异性测定 基于框架特异性的蛋白编码区的识别 供体受体拼接位点的预测 启动子序列的识别 Poly(A)位点的预测 多基因预测的差异分析 使用HMM 基于模式的多基因预测 基因识别的准确性 利用蛋白质或EST相似性信息来改进基因预测 序列注释 注释可视化 InfoGene: 已知基因和预测基因的数据库 调控区的主要特征 转录因子的结合位点(TF-位点)10-30 个核苷酸) 序列保守性 DNA序列的三维空间结构 调控区域的组织原则 分析调控区的生物信息学模型 元件检测的方法 转录因子结合位点的检测 元件结构的检测 其他元件的检测 调控区域的分析 训练集选择 统计学的生物显著性 上下文依赖性 * 基底连接区 基底连接区 边界元件 边界元件 增强子 启动