基于its序列的栓菌属部分种的分子分类初步研究.docVIP

基于ITS序列的栓菌属部分种的分子分类初步研究 摘　要:　栓菌属Trametes的一些近缘种宏观和微观形态学非常相近，传统分类学方法难于对其进行准确分类定位。本研究测定了34个菌株ITS(5.8SrDNA)序列，并对得到的43个菌株的ITS序列进行系统发生分析，构建了聚类分析树状图。该树状图显示，栓菌属类群与其他属类群明显分开，Trametes versicolor聚类到一个高支持率的独立分支。形态学上定名为T.hirsuta和T.pubescens物种聚类到同高支持率的独立分支，试验分析表明这两个种应视为同一物种。 关键词:　Trametes versicolorT hirsuta，T pubescens， ITS序列分析，聚类分析树状图 栓菌属的种类是在1853年被Fries确认的。按照真菌字典所载的分类系统栓菌属的种类属于担子菌类多孔菌目多孔菌科。到目前为止，这个种类的41个种以被报道，并且其中的27个种是在中国发现的。 从孢子的极高地相似的表面特征来鉴定栓菌属的种类是有困难的。在多孔菌家族中，栓菌属被认为是相当紊乱的。事实上，对栓菌属的分类方法是有问题的。栓菌属的种类中的23个种以被Teng鉴定出了，而且其中包括Gilbertson和Ryvarden在1987年的分类中提到的Coriolapsis Murrill，Daedalea Fr., Daedaleopsis Schroet., Pycnopoms P.Karst. 此外，被F.L.Tai报道的栓菌属的41个种中的一些种被认为是同种。Ryvarden分别于1980年和1987年报道了发现于东非的20个栓菌属的种和发现于北美的18个栓菌属的种。然而，这些种同样也包括Fomitapsis feel (Fr.) Kreisel和F. nivosa Berk。Corner已处理的与栓菌属属同一种的13个种中包括Daedaleopsis,Daedalea,Lenziles Fr. 和Trichaptum Murrill (Ko与Jung, 1999)。Ryvarden也验证了13个与栓菌相似的种。所以，要从多孔菌家族中鉴定栓菌是有难度的，特别是鉴定Trametes hirsuta (Wulfen: Fr.) Pilát 和 T.pubescens (Schumach.: Fr.) Pilát，因为它们在形态特征上是很相似的，所以用传统的分类方法给它们分类是有困难的。 存在于rDNA上的ITS序列在种的水平上的分类是值得注意的。在本研究中，通过测定的34个菌株的ITS序列构建系统发育树。基于系统发育树，我们分析讨论了Trametes versicolor，T. hirsuta 和T. pubescens的系统发生和分类。 1材料与方法 1.1材料与试剂 菌种Trametes versicolor DSM11269、DSM11309、T pubescens DSM3506、DSM9795、T .hirsuta DSM3511 和 DSM524购买与Deutsche Sammlung von Mikmorganismen and Zellkulturen(DSMZ)。其它菌种（表1）是我们分离鉴定的，并于4℃下于CPDA斜面培养基上保藏。目的DNA片段通过pMD 18-T载体在大肠杆菌中放大培养。 1.2基因组DNA的提取 在新鲜菌丝中提取DNA的方法如下：母种在CPDA液体培养基中在150rpm的摇床上培养3d。后用纯水洗涤并过滤，这些湿菌丝冻与液氮中，其中加入适量的石英砂。然后将菌液缓慢加入缓冲液中，然后加入等体积的苯酚氯仿（1：1，pH8.0）混合液。通过离心去除不溶性杂质，然后，热处理除去RNA。溶解物经苯酚氯仿再次抽提后，用乙醇沉淀，并将沉淀溶于无菌水中。最后基因组DNA经0.7%的琼脂糖凝胶电泳来计算其最终浓度。 表1实验中所用菌株 species name Strain number Origin GenBank accession number Trametes versicolor 548 Beijing AY840574 T. versicolor 1302 Shanxi AY840575 T. versicolor 1503 Ganshu AY840577 T. versicolor 1355 Shanxi AY840576 T. pubescens DSMZ 3506 DSMZ AY840578 T. hirsuta DSMZ 3511 DSMZ AY840579 T. versicolor 3633 Xinjiang AY840580 T. versicolor 3650 Xinjiang AY840581 T. versic