转录因子结合位点生物信息学研究进展.pdfVIP

遗锫HEREDITAS(Beijing)2009年4月。31(4)：365--373 ISSN0253·9772 综述 WWW．chinagene．cn DoI：10．3724／SP．J．1005．2009．00365 转录因子结合位点生物信息学研究进展 侯琳1一，钱敏平1一，朱云平2，邓明华1，3 1．北京大学数学科学学院，北京10087l； 2．军事医学科学院放射与辐射医学研究所，北京蛋白质组研究中心，蛋白质组学国家重点实验室，北京100850； 3．北京大学理论生物学中心，北京100871 factor site，TFBS)是与转录因子结合的DNA序列。它们与转录 摘要：转录因子结合位点(Transcriptionbinding 因子相互作用调控基因的转录过程。确定TFBS是理解转录调控机制，建立转录调控网络的关键问题。随着高 通量实验技术的发展，结合ChIP．chip实验以及多个基因组的序列信息来预测TFBS已成为新的研究热点。本 文简要概述了用于TFBS定位的实验技术，TFBS信息相关的数据库，重点评述了描述TFBS的模型以及预测 TFBS的多种软件。TFBS的生物信息学研究的发展，将与相关领域相互促进，有助于进一步揭示转录调控 机制． 关键iS转录因子结合位点；生物信息学；ChIP．chip；位置权重矩阵；系统发育足迹分析法 Advancesonbioinformaticresearchin factor transcription ● ● ●- l● sites Dlndln2 HOU Linl一，QIAN Yun．Pin92，DENGMing．Hual，3 Min．Pin91一，ZHU 1．SchoolofMathematicalSciences，PekingUniversity，Beijing100871。China； 2．State ProteomeResearch Institute 100850，China； KeyLaboratoryofProteomics，BeUing Center,BeijingofRadiationMedicine，Beifing Theoretical 100871．China 3．Centerfor Biology．PekingUniversity．Beijing iscardedouttheinteractionsbetween factorsandtheir sitesin Abstract：Transcriptionregulation by transcription binding factor sites(TFBS)are nucleofide are6-20 DNA．Transcriptionbinding short,degeneratesequences，andusually bplong． Accurate ofTFBSsisacrucialtowards the mechanismof andcon- prediction step understandingregulation transcription as a strucfingtranscriptionalregulatorynetworks．Currendy,high-throughputtechnologies。suchChiP-chip，areproducing amountofdataforTFBS ei