本科论文答辩 人参β-香树素合成酶的同源模建及高通量虚拟筛选抑制剂的研究.ppt

吉林大学本科生毕业答辩 答辩题目：人参β-香树素合成酶的同源模建及高通量虚拟筛选抑制剂的研究 Homology Modeling and High-throughout Screening with Computer of a New Inhibitor of Panax β-AS 答辩人：07级生物技术 徐阳 指导老师：韩葳葳 副教授 内容提要 前言 同源模建建立β-AS三维结构 分子动力学模拟优化所建立的三维结构 抑制剂的结合位点的预测 高通量虚拟筛选 前言 人参皂苷简介 人参皂苷是人参的主要活性成分，至今已经发现四十余种人参皂苷。人参皂苷具有抗炎、抗氧化作用，还有广泛的抗肿瘤作用。目前，人参皂苷已成为医药、食品、轻工等行业的重要原料，随着对人参皂苷生理活性研究的深入和中药现代化的要求，对人参皂苷的需求量将会进一步上升。 提高人参皂苷产量的途径——寻找人参β-香树素合成酶（β-AS）的高效抑制剂 经过对人参皂苷生物代谢途径的研究发现，2,3—氧化鲨烯的环化是植物固醇代谢途径与人参皂苷代谢途径的分支点。经过β-AS的催化，最终产生了植物固醇。所以，如果能寻找到β-AS的高效抑制剂，有效的抑制其活性，则能引导代谢流向人参皂苷合成途径，可以提高人参皂苷的产量。 同源模建 β-AS蛋白的序列已经得知，于是我们将其序列提交到Swiss—model的自动比较蛋白质模建服务器上，经程序自动选择，选择了在甾族化合物骨架形成中起重要作用的人的氧化鲨烯环化酶，并且以序列相似性为41％的晶体结构1W6J为模板[2]，直接生成了β-AS的初始三维结构。 分子动力学模拟 在2.2ns的MD模拟过程中RMSD随时间变化曲线 我们在初始的三维结构基础上，利用GROMACS程序对其进行了分子动力学2.2ns(MD)模拟。 由图可以看出，β-AS体系的RMSD在2ns 之后趋于不变（0.35），体系已经稳定。最终得到的β-AS的三维结构 a为β-AS的最终结构，b为其表面能量。 验证三维结构的可靠性 右图显示了β-AS结构中QMEAN Z-scores。QMEAN Z-scores表示蛋白稳定性的预测。经过分子动力学模拟之后，Z-scores的值为-6.16，说明β-AS结构稳定。 右图显示的是Profiles-3D的分值。经过分子动力学优化后，各残基的兼容性均有所提高。而对于最终的结构β-AS，其所有残基的得分均大于0，这说明所有的残基都处于合理的位置。 综上，经过两种不同的评估方法验证，说明β-AS的结构是可靠的。 10-aza-10,11-dihydro-2,3-oxidosqualene 是与底物2,3-oxidosqualene 竞争型的抑制剂，因此抑制剂的结合位点是底物的结合位点。 秦玉芝等人认为在甾醇生物合成中的关键酶（包括β-AS）的氨基酸序列中存在极度保守的部分（例如Leu252，Leu285），此外，目前没有任何其它信息提供活性口袋所处的位置以及组成。通过Binding-site模块搜寻活性口袋，搜寻到一处包含有Leu252，Leu285的位点，可以确定为活性部位。 抑制剂结合位点的预测 高通量虚拟筛选 我们以10-aza-10,11-dihydro-2,3-oxidosqualene作为先导化合物通过建立的筛选策略进行筛选，从ZINC数据库的1300多万小分子中筛选出来的120个小分子中，使用AutoDockvina对120个小分子分别与β-AS进行分子对接。选择能量最低的小分子（化合物8442257）做进一步的深入研究。 a为抑制剂10-aza-10,11-dihydro-2,3-oxidosqualene的结构；b为复合物8442257；c为β-AS与复合物8442257的分子对接模型；d为β-AS活性位点处的一些残基与8442257之间的氢键。 将8442257和10-aza-10,11-dihydro-2,3-oxidosqualene放在活性位点中。用Gaussian03 AM1方法对其优化结构，然后用Affinity软件对接。 Ligand Evdw(KJ?mol-1) Eele(KJ?mol-1) Etotal(KJ?mol-1) Ludi Score 8442257 -73.10 -2.59 -75.69 802 10-aza-10,11-dihydro-2,3-oxidosqualene -64.60 -0.40 -64.26 621 Table 1 The total energy Etotal, van-der-Waal energy Evdw and