什么是数学生物学以及它为什么有用？.doc

学科进展 什么是数学生物学以及它为什么有用？ Avner Friedman 近年来人们见证了生物科学中前所未有的进展. 其中最看得见的进展也许就是人类基因组计划的完成 —— 朝向对人类机体的分子遗传理解的第一步. 随后的非编码基因的发现以及对遗传/蛋白质机理的更深刻的理解, 以革命性的步伐继续推进着生物学的发展.有关与癌症以及诸如阿尔茨海默氏症、帕金森氏病 和肌萎缩性脊髓侧索硬化症的斗争以及诸如艾滋病 AIDS 、病媒昆虫和抗生素耐药性 Antibiotic resistance 的健康威胁管理 ________________________________________________________ 原题: What is Mathematical Biology and How Useful is it? 译自：Notices of the AMS, v. 57 2010 , no. 7, 851 – 857. Avner Friedman是俄亥俄州立大学的杰出教授和设在该校的数学生物学研究所的前任所长. 他的电子邮箱的地址为 afriedman@ .  中提出的组合学问题.在美国的数学系、统计系、计算机科学系和生物系以及医学研究所中的生物统计中心早就有若干数学生物学研究小组. 此外, 源自数学生物学的个别课题也已经成为美国现有的数学研究所的研究课题中的专题. 不过, 比之于生物科学的需求而言当前数学生物学研究界的规模相对说来还是很小的. 所以, 需要鼓励数学家和统计学家进入到数学生物学的领域, 并且要比以前更加系统地培育新一代的研究人员. 正是这些挑战促进了我们在俄亥俄州立大学成立了数学生物学研究所 Mathematical Biosciences Istitute, MBI , 作为由美国科学基金会的数学科学学部 NSF/DMS 资助创立的数学研究所之一. 该研究所2002年秋季开始运作, 作为该研究所的首任所长, 我亲身经验了我们数以千计的既有数学家也有生物学家的访问学者的激情. 在本文中我将和数学界的同仁分享我作为该研究所哺乳动物的一个细胞通常包含3DNA的分子由几百万个原子组成. 但是细胞并不仅仅是巨大的分子集成. 例如就DNA-RNA-蛋白质体系而言, 细胞保持着它的分子之间的控制和秩序. 细胞吸收养分并生成生物质能 biomass 以完成诸如分泌化学物质和吞噬病原体那样的特定功能; 细胞提供向养分源移动或当资源稀缺建模是有相当挑战性的工作[1]个不同类型的细胞并具有互相间不断交谈的功能, 因此对生物过程建立数学模型是极具挑战性的工作是相当明显的. 即使是对最成功的那些模型, 人们能期望它们处理的也仅限于只保留最重要的变量而忽略其他一切的受到限制的情形. 数学生物学方面的研究工作通常是数学家和生物学家之间的合作成果. 生物学家提出生物学问题或描述一组实验, 数学家则据此研制一个模型并对此进行模拟. 为了研制一个模型, 例如用一组微分方程来表示的模型, 数学家需要确定生物变量之间的一组关系以及详细说明Roy等人实施的[18]. 在这些实验中首先研制了一种全层真皮皮瓣, 使得血的供应如图1所示的那样与下方皮瓣以及两个长的边分离开. 于是作为成对-匹配的控制, 同一个动物的一个圆形伤口在皮瓣的中心形成 缺血性伤口 而另一个伤口 非缺血性伤口 在正常皮肤上. 图1 Roy等研制的伤口环境示意图[18] 得到C. K. Sen的允许 . 兰色段 是利用双蒂皮瓣生成的循环障壁而红色箭头表示在伤口附近的血液循环. 为了确定有助于愈合缺血性伤口的治疗策略, Xue等[19]研究了一个数学模型，该模型融合了与伤口愈合过程结束阶段有关的主要变量, 即, 若干类型的血液和组织细胞、化学信号以及组织密度. 该模型是用粘弹性理论中的一组偏微分方程来阐明的, 部分愈合区域的一部分边界, 即开放伤口的表面, 是事先不知道的自由边界. 然而, 三维几何中的自由边界问题的每次模拟都要花太多的时间. 于是挑战就在于如何在施加缺血性条件的同时简化其几何 形状 . Xue等[19]假设伤口是圆形的, 如图2所示, 但是在r L处制造了许多尺度为 的 ?. 令 按适当的比例?趋于零并应用均匀化理论他们推断出在切口以前的?u f的解的 每个边界条件在做了切口后变为边界条件 r L上 其中 是缺血性的测度; 靠近1的 意味着极其缺血, 部分愈合的区域是 环形区域, 正常的健康组织是. 图3 来自[19] . 在20天时间里缺血性 ? 0.92 和 非缺血性 ? 0 伤口半径的变化.非缺血性伤口在13天后愈合, 而缺血性伤口还没有愈合