生物信息学的方法对胶质纤维酸性蛋白的初步分析.pdfVIP

运用生物信息学的方法对胶质纤维酸性蛋白的初步分析 贺金堂 学号 摘要：胶质纤维酸性蛋白是星形胶质细胞中的一种标志蛋白，它在神经元内环 境的维持和血脑屏障中起着重要作用。本文主要运用生物信息学的方法，对呈现 在双向电泳凝胶上、并用质谱鉴定出来的胶质纤维酸性蛋白进行了初步分析，从 而对其性质有一个全面的了解。 胶质纤维酸性蛋白(glial fibrillary acidic protein, GFAP) 是星形胶质细胞中的 一种标志蛋白，它参与神经元内环境的维持和血脑屏障。在脑损伤的炎症中会出 现以胶质纤维酸性蛋白为特征的纤维化。这种纤维化形成“疤痕”，有隔离和控 制细胞外液的离子和分子成分(如 K+ ，神经递质等) 的作用。 蛋白质组学的方法是系统化地研究蛋白质性质的一把利器。双向电泳、质谱 和生物信息学是蛋白质组学的三个基本技术平台。从人脑组织中提取蛋白，然后 进行双向电泳，切蛋白点，胶内酶切后进行质谱鉴定，发现在双向电泳图谱上， 胶质纤维酸性蛋白并不是与单个点相对应，而是令人吃惊的对应着 50 多个点， 这主要是由于基因的拼接和翻译后修饰造成的。正是由于胶质纤维酸性蛋白以多 种形式存在，从而使其能够非常灵活的参与生理活动的调节。本文主要运用生物 信息学的方法对胶质纤维酸性蛋白进行了初步分析，得到了蛋白质组学研究中感 兴趣的一些蛋白质基本参数，包括分子量、等电点、氨基酸残基的组成、疏水性、 跨膜区、三维结构、亚细胞定位、基本功能等基本信息，并通过 blast 找到其同 源序列，建立了进化树。 首先选择 Swissprot，进行 SRS Quick Research，搜索 GFAP，种属选择 Human ， 部分信息如下： ID GFAP_HUMAN STANDARD; PRT; 432 AA. AC P14136; DT 01-JAN-1990 (Rel. 13, Created) DT 01-JAN-1990 (Rel. 13, Last sequence update) DT 10-OCT-2003 (Rel. 42, Last annotation update) DE Glial fibrillary acidic protein, astrocyte (GFAP). GN GFAP. OS Homo sapiens (Human). OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; OC Mammalia; Eutheria; Primates; Catarrhini; Hominidae; Homo. OX NCBI_TaxID 9606; DR EMBL; J04569; AAA52528.1; -. DR EMBL; S40719; AAB22581.1; -. DR EMBL; M26638 ; AAA52529.1; -. DR EMBL; BC013596 ; AAH13596.1; -. DR EMBL; BC041765 ; AAH41765.1; -. DR PIR; A32936 ; A32936. DR HSC-2DPAGE; P14136 ; HUMAN. DR Genew; HGNC:4235; GFAP. DR MIM; 137780; -. DR GO; GO:0005882; C:intermediate filament; TAS. DR GO; GO:0005200; F:structural constituent of cytoskeleton; TAS. DR InterPro; IPR006821; Filament_head. DR InterPro; IPR001664; IF. DR InterPro; IPR002957; Keratin_I. DR Pfam; PF00038 ; filament; 1. DR Pfam; PF04732 ; filament_head; 1. DR PRINTS; PR01248 ; TYPE1KERATIN. DR PROSITE; PS00226 ; IF; 1. KW Intermediate fi