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病毒衣壳蛋白的组装动力学研究 郑晓璟 病毒的衣壳蛋白是由大量相同的蛋白亚单位构建成的三维结构。它对于病毒 遗传信息的复制有着极其重要的作用和意义。了解病毒衣壳蛋白的三维结构固然 十分重要，但是对于病毒衣壳蛋白组装动力学的研究能对了解病毒遗传复制的过 程有着更加深远的意义。 1.基本概念的介绍 首先，我们先对一些基本概念作一个介绍：subunits, intermediates, capsid, nucleation以及elongation. Subunit: 蛋白的亚单位，是组成病毒二十面体结构的最小基本单位 Intermediates: 在组成病毒衣壳蛋白二十面体过程中的中间态蛋白局集 体，它一般由多个蛋白亚单位(subunits组成) Capsid: 就是我们在后文中提到的病毒蛋白的二十面体完整结构 Nucleation: 成核现象，也是我们一般所说的晶核成核现象，这个过程通 常是由几个蛋白亚单位结合成一个较为稳定的结构（核） Elongation: 从名字上解释，可以认为是延长过程，也就是晶体或者蛋白成 核后，游离的蛋白亚单位慢慢结合上去使这个晶核长大，也是病毒衣壳完整 结构慢慢形成的过程。 首先我们考虑蛋白质在细胞内的组装情况，在细胞内，蛋白质和 DNA 的浓度 都是相当高的，渗透作用以及对水分子运动的调节作用都能促使蛋白在体内的聚 合组装。然而高浓度在体内对蛋白质组装的促进作用并不是必然的，它们也可能 因为太高的浓度导致蛋白亚单位之间被分隔，从而阻碍了蛋白之间的组装。 通常，如果我们研究一个病毒衣壳蛋白的组装还是比较容易的，但是如果我 们研究这个体系（在这个体系中包含了很多独立的病毒衣壳蛋白的组装）那么这 个过程又是相当复杂的。单个衣壳蛋白的组装和大量病毒衣壳蛋白的组装所研究 的方法和理论依据都是有差异的。 一般有两种模型来对病毒蛋白的组装进行研究，一种是：热力动力学模型， 另一种是统计力学模型。 热力动力学模型主要研究的对象是大量蛋白的组装，这个模型基于比较少的 计算。 统计力学模型主要研究对象是微量的蛋白亚单位，以及少量的病毒衣壳蛋白 的组装。 下面我们先从一些简单的蛋白模型的组装开始进行讨论。 2.丝状蛋白，片状蛋白，和晶体蛋白的组装模型 丝状蛋白，片状蛋白，和晶体蛋白都是末端开放的蛋白聚合体，在它们的组装过 程中，最重要的一个步骤和特征就是成核过程(见图中的one nucleation event), 而且从图中我们可以发现，在成核之前，没有蛋白组装的组装，assembly 程度 接近于 0。这个过程我们称作为 Lag phase(延迟阶段)。一旦成核后，延长过程 相当迅速，游离的蛋白亚单位很快地结合到已经形成的核上，直到最终达到平衡。 在平衡过程中，溶液中的蛋白和自由地结合或者从蛋白聚合体上解离，结合和解 离的速度达到平衡，这个时候溶液中的蛋白聚合体达到了临界的浓度。 2．1基于丝状蛋白，片状蛋白，和晶体蛋白组装模型的猜想 在整个组装过程中，已经形成蛋白聚合体的蛋白亚基的蛋白接触位点和溶液 中游离蛋白的蛋白接触位点是相同的 从成核过程到后来的延伸过程中，游离结合到蛋白多聚体上的蛋白的接触位 点和组成蛋白多聚体的亚单位的蛋白接触位点不同，但是溶液中游离的蛋白 亚单位的接触位点都相同。 对于上述两种猜想，一般第二种猜想更为常见合理，利用第二种猜想进行的实验 和分析也更为普遍。 3.单个病毒衣壳蛋白的组装模型 一般有两种理论来解释和论述单个病毒衣壳蛋白的组装模型：局部环境理论和局 部规则理论。 局部环境理论：这种理论主要是用来解释T值较小的病毒