hellip;利用含时Su-Schrieffer-Heeger(SSH)模型研究了极化子在DNA中的动力学性质,解释了极化子在不同DNA序列中跃迁现象关键词极化子动力学DNA电荷密度hellip;.docVIP

极化子在DNA中的跃迁现象 郑 斌 （1青岛科技大学化学与分子工程学院，青岛266042） 摘要: 利用含时Su-Schrieffer-Heeger (SSH)模型研究了极化子在DNA中的动力学性质，解释了极化子在不同DNA序列中跃迁现象。 关键词: 极化子 动力学 DNA 电荷密度 晶格位形 Hopping of Polaron in DNA periodic stack Bin Zheng （College of Chemistry and molecular, Qingdao University of Science Technology, Qingdao 266042） Abstract:The dynamic properties of a polaron in DNA stacks are calculated using the time-depended Su-Schrieffer-Heeger model containing the electric field term. The phenomenon of polaron in DNA is revealed . Key words: polaron，dynamics，DNA，charge density，lattice configuration Wei 和 Yan 等人模拟了双极化子的动力学过程[5]。Conwell等人也报道了多种碱基序列电荷传递的动力学性质以及空穴在鸟嘌呤碱基上的自束缚现象[6-8]，发现极化子在某些周期链上可以平滑传播很远，但是在随机排列的链上则很难运动。为了进一步从理论上解释极化子的跃迁现象，我们模拟了极化子在几种特殊排列的DNA链中的动力学过程。 1 模型和公式 本文所有的计算采用的是Ono和Terai改进的SSH紧束缚模型[9]，其哈密顿量为， (1) (2) (3) (4) (5) 其中，()是电子的产生（湮灭）算符，dn是的n个格点的在位能，un是第n个格点离开热平衡位置的位移，t0是热平衡时最近邻格点间的跃迁积分，(是电子－晶格耦合常数，K是弹性系数，M是格点的质量，矢势A上的系数(定义为( = ea/(c (e, a 和 c分别是电子电量、晶格常数和光速)，((( t)代表t时刻第ν个能级所对应的电子波函数。在这个模型中，电场强度E表示为。 2结果和讨论 我们取链长N为100，外电场为5.8(103 V/cm，K = 0.85eV/?2 t0＝0.2 eV ，(＝0.4 eV / ?， G/C、C/G、T/A 和A/T的在位能分别为0.65eV, 0.35eV，0.15eV和0.0eV[10]。 由以前的研究[11，12]，我们知道，极化子的局域程度与势阱的宽度有关，随着势阱宽度的变化而变化，而且随着势阱的宽度减小，极化子的隧穿能力将变强，特别是当势阱仅由一个碱基对组成的时候，极化子的隧穿能力最强，极化子可以穿过势垒的可能性最大。当势垒仅由一个碱基对组成，而势阱有两个同样的碱基对构成时，虽然这时势垒仅由一个碱基对组成，因为在具有两个同样的碱基对构成的势阱中的极化子在相邻势垒上的电荷密度分布很小，所以极化子很难穿越势垒而将被势阱束缚住。我们以由三种碱基R、R(和R((（R、 R( 和R((代表G/C，A/T，C/ G，T/A中三种不同的碱基）构成的链为例来演示DNA的动力学过程。 图1极化子在链(RR()n上运动的电荷密度(实线) 和相对位移y(虚线) Fig.1The relative displacement (dashed curve) and the charge density (solid curve) of the polaron motion along the DNA stack (RR()n at different times. DNA分子链(R(R)50是由单个碱基对构成的势垒和势阱交替排列组成的，如图1所示， 给出了0ps、20ps、40ps、50ps时，极化子在整条DNA分子链上的电荷密度分布和晶格位形的变化情况。由图可以看出，极化子在整条DNA分子链上平滑移动，所以这种由两个不同的碱基对交替排列构成的周期性DNA分子链是良好的导电材料。 (a) (b) 图2 极化子在链(RR(R(()n上运动的电荷密度(