基于冲击力模型的分子马达动力学分析.pdfVIP

第30卷第4期 计 算 物 理 V01．30．No．4 2013年7月 CHINESE OFCOMPUTATIONALPHYSICS JOURNAL July，2013 文章编号：1001．246X(2013)04-0565-06 基于冲击力模型的分子马达动力学分析 李晨璞1， 韩英荣2， 展 永2， 胡金江1， 谢革英1， 张礼刚1’3， 范 虹1 (1．河北建筑工程学院数理系，河北张家口075000；2．河北工业大学理学院，天津300130； 3．北京交通大学理学院，北京100044) 摘要：从分子马达输运特点和实验现象出发，建立满足朗之万方程的冲击力模型，分析分子马达定向输运的动力 学行为．研究发现：在合适的冲击力和噪声强度的共同作用下，分子马达可以稳定的梯跳跃迁运动和有效的输运； 分子马达在轨运动的方向由冲击力的方向决定；另外，虽然在不同的噪声强度时平均速度都不为零，但是整个分子 马达系综的高效输运对噪声强度有一定的选择性；系综的平均速度随着负载力的增大而减小，甚至会产生反方向 的运动． 关键词：分子马达；冲击力；朗之万方程；噪声强度 中圈分类号：0414．22 文献标识码：A O 引言 分子马达(Molecular 腺苷)水解释放的化学能高效的转化成机械能而产生定向运动，马达在细胞内的物质运输过程中发挥重要 作用．细胞中分子马达种类繁多，胞内环境复杂多样，但各种马达却能有条不紊地沿着各自的轨道运动并执 行其功能¨。。． 在理论上，研究分子马达的方法主要有两种：①把马达看成在各种棘轮势中运动的布朗粒子∞。51，运动 满足朗之万方程(Langevin (Master equation)∞一71．然而，这两种方法忽略了分子马达自身结构在运动中发挥的作用． 由于荧光标记和光钳等实验技术的发展，使得在实验上对微观分子马达运动的测量和利用分子马达组 合成酶成功的驱动了纳米镍丝旋转一1． 本文建立冲击力模型，从朗之万方程出发对分子马达沿轨道的梯跳运动、运动方向的控制和系统对环境 噪声强度的选择等一些性质给出了定性半定量的解释． 1 数学模型及数值算法 1．1生物基础 即出现实验中的梯跳运动．ATP分子对马达的作用可看作是一个具有时间周期的冲击力．负载力．厶．的存在 影响着ATP与马达头部的连接速率，负载力越大ATP连接到马达头部的速率就越小，产生冲击力周期就越 长，进而影响马达的运动情况，根据实验ATP连接到马达头部的速率和负载力满足的函数关系为’1”“1 k=k(0)exp(一fL)， (1) 收稿日期：2012—09—28；修回日期：2012—12—08 基金项目：河北省教育厅高等学校科学技术研究(Z2012175)及张家口市科学技术研究(1101006B)资助项目 作者简介：李晨璞，(1979一)，男，硕士，讲师，主要从事统计物理，分子马达动力学研究，E·mail：lcpedu@yahoo．corn．on 万方数据 566 计 算 物 理 第30卷 其中k(o)表示负载力为零时的速率常数．另外，分子马达的轨道都由对应有极性的单体周期聚合而成，轨 道对马达的作用可看作非对称周期空间势场¨2。14|；由于溶液环境复杂，马达会不断受到溶液小分子的碰撞， 计算中把这些碰撞看成马达所受的外界高斯白噪声． 这样分子马达就可看作是在周期势场中运动，并不断受着周期性冲击力和非平衡涨落的布朗粒子，描述 马达运动的动力学方程可用朗之万方程表示． 1．2朗之万方程 根据分析，分子马达的朗之万方程可表示为 丽dx=一y警+f(x)+z(t)工(￡)一^+G孝(f)，(2) 其中髫为马达质心坐标，7是溶液阻尼系数，工．是单位质量马达所受负载力．八x)是单位质量分子马达所受 的周期