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Visualizer 模块快速入门教程 下面的教程将示范如何使用Visualizer 。 管理Project: 介绍MS Modeling 中的Project ，并示范如何使用它们管理工作 流文件。 绘制简单分子: 介绍用于绘制链和环的绘制工具，编辑键级和元素类型并且 测量不同的几何性质。 绘制卟啉分子: 显示如何操纵片断并使用Display Style 对话框。 绘制有机金属结构: 介绍片断浏览并示范如何使用Find Symeetry 工具。 将分子对接到表面: 介绍了用于连接晶体结构的表面模建。 使用聚合物模建工具: 介绍了构建多种类型聚合物结构的聚合物模建工具。 使用层模建工具: 先是如何使用层模建工具来构造一个界面和金属-聚合物- 金属分层结构。 使用晶体模建工具: 介绍用于构造并可视化3D 周期结构的晶体模建工具。 1.管理Project 背景 当你正在运行一些高级的操作，例如Discover 或者Amporphous Cell 工作的时候，会生 成具有不同文件名的不同文档。要使管理这些文档变得更简单，MS Modeling 有一个叫做 Project Explorer 的文件管理器。它与一些高级程序程序语言包如VC++ 的文档管理系统相似。 与程序可以生成文档和文件夹相同，你也可以生成自己的文件夹和文档来订制文档组织并帮 助你纪录所作的工作。 介绍 本教程分为两个部分。第一部分描述了一个简单的Project ，在这里你会看到如何执行 计算，例如能量的最小化。第二和以后的部分将通过生成自己的Project 来进行指导。因为 处理Project 是MS Modeling 中的一个基本部分，也是进行其它教程的参考部分。 (1).例子Project 的示范性细目分类 此部分由一个例子Project 的细目分类组成。只用于示范目的，不牵涉到任何要完成的 工作。在这个例子中，一个m-二甲苯已经被导入并进行了最小化，然后执行了动力学运算 并对其进行了分析。现在对其进行细分来反映每一步在Project 管理中的变化。 a.一开始输入m-二甲苯后的Project 图。 b.在最小化运算后，一个m-xylene Disco Min 文件夹出现，最小化后的结构被放到了此 文件夹下( 以蓝色高亮显示) 。.out 文档包含了Discover 计算中的信息。 c.执行完动力学计算后的情况，数据被放置到m-xylene Disco Dynamics 文件夹下。 m-xylene.xtd 是轨迹文档，包含了动力学模拟情况。 d.经过动力学运算后进行分析以评定长度分配。信息存储在高亮显示的m-xylene.tbl 文 件中。 这是一个标准计算的布局图。每一个新的计算都基于前一个计算的结果，新的子文件夹 将加入到文件树中。这就允许你按照文件树来查询试验路径。如果你想在同一个Project 中 要建造并最小化第二个分子，那么你需要从根目录下找第二层文件树。 注意：当前激活的文档用黑体来显示。 (2).生成新的Project 见教程一中第一部分。 (3).使用自动保存 MS Modeling 中有自动保存功能，会在指定的时间间隔内将文档的变化自动保存到硬盘 上。如果你需要在一定时间内自动保存文件，那么请确定该选项被打开，如果必须的话，请 设定两次更新之间的时间间隔。 从Tools 菜单中选择Options... 。在General 栏中，确保Enable AutoSave 被选中，且时间 间隔为10 分钟。 如果MS Modeling 被意外关闭，例如断电或者计算机重起，而在此之间你有一次机会 保存工作，那么在重起之后就会有机会恢复当前Project 最后一次自动保存时的文档。 注意：恢复的选项只有一次，如果拒绝恢复自动保存文件，那么这些硬盘上的信息就会 被删除。 此外，你可以通过在Folder Locations 栏中指定位置来手动恢复自动保存的文档。 在Options 中选择Folder Locations 。检查AutoSave 文件夹的默认位置。 (4).输入模型 下一步是输入一个模型，以查看它会出现