长心卡帕藻（Kappaphycus alvarezii）表达序列标记分析.pdfVIP

第 42卷 第 6期 海 洋 与 湖 沼 VO1．42．NO．6 2011年 11月 OCEANOLOGIA ET LIMN0LOGIA SINICA NOV．2011 长心卡帕藻(KappaphyCUSalvarezii)表达 序列标记分析术 刘晨临 黄晓航 刘建国2 (1．国家海洋局第一海洋研究所 海洋生态研究中心 青岛 266061 2．中国科学院海洋研究所 青岛 266071) 提要 分别采用 BlastX和 Blast2go软件对 453条非冗余的长心卡帕藻 EST序列进行匹配分析和 GO注释。结果表明，有281条序列与蛋白数据库中序列匹配，有 132条序列被9-3属为3个子本体：分 子功能、生物学过程和细胞组成。同时筛选到24个与逆境适应相关的基因，包括应对胁迫反应和抗 氧化反应的基 因。采用 GCUA软件，进行长心卡帕藻基 因密码子偏倚性的研究。结果表明其密码子 偏倚性与其它红藻差别较大，平均 G+C含量和密码子的第三位 的G+C含量均较其它藻类偏低。上 述工作为进一步研究长心卡帕藻基因及其功能奠定 了基础。 关键词 长心卡帕藻，表达序列标记分析，抗逆基因，密码子使用频率 中图分类号 O93 长心卡帕藻(KappaphyCUSalvarezii)属红藻 门、真 种 的基 因及其编码蛋 白的属性分析，它包括 种不 红藻纲 、杉藻 目、红翎菜科 、卡帕藻属，是热带、亚 同的子本体，反映生物过程 、细胞组分和分子功能这 热带多年生海藻 。该藻经济价值较高，是生产卡帕型 三个结构层次。一个基 因产物可能仅被一个子本体注 卡拉胶 的主要原料。卡拉胶在食 品和轻化工业领域有 释，也可能被三个子本体同时注释 (Ashburneretal， 广泛 的应用 。另外 ，卡拉胶还有一定 的药学功效 2000)。对 EST序列进行 GO注释，有助于了解基因 (Bixler，1996)。 目前世界上卡拉胶海藻的养殖水平还 及其编码产物在大多数物种 中的基本功能，参与的 远远不能满足对卡拉胶 的需求。我 国卡拉胶养殖从 生物学过程及其细胞定位。因此 GO注释是筛选和开 1987年首次引进麒麟菜开始至今，养殖规模仍然不 发物种抗逆功能相关基因的有效手段。 大，卡拉胶需求主要依赖进 口。 本文将建立卡帕藻cDNA文库，获得EST数据进 卡帕藻的人工养殖主要是通过营养体繁殖。其系 行 GO分析，筛选其可能与逆境胁迫相关的功能基 因， 统比较脆弱，易遭受鱼类 、杂藻和微生物等侵害；另 并对基 因特征进行分析。为后续筛选卡帕藻抗逆品系， 外，养殖环境 的变化，例如光照、盐度 、温度和重金 研究功能基 因在卡帕藻适应逆境胁迫环境 的机制和 属等都会对卡帕藻的生物量及其所产卡拉胶的含量 作用奠定基础 。 和强度产生影o~](Asketal，2002)。为提高我 国产卡拉 1 材料与方法 胶海藻的产量和卡拉胶质量，除了要改进养殖技术，发 展有性生殖和实验室育苗技术外，研究卡帕藻分子水 1．1 试验材料 平的抗逆机制，筛选抗逆性强、生长速度快和卡拉胶 长心卡帕藻(Kappaph)C14Salvarezii)于 2008年 7 产量高的优 良品系并进行推广也是非常重要的工作。 月采 自海南省陵水县养殖场。低温保存带回实验室后， 表达序列标记(EST)代表生物体某种组织特定时 于解剖镜下用灭菌海水和毛笔洗刷掉附着的杂藻等， 间的某个表达基因。基因本体(G0)数据库提供各