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生 物 技 术 [26]胡文舜，李韬，郑姗，等 ．43份云南野生枇杷种质遗传多样性与亲 [33J娄永峰，林新春．何奇江，等．哺鸡竹亲缘关系的 AFIP和 SRAP 缘关系分析 [Jj．福建果树 ，2010，4：20—28． 分析[J]．分子植物育种，2010，8(1)：83—88． [27]刘军，许美荣，赵志伟，等 ．丝瓜种质资源遗传多样性的SSR与 [34 与二磊，王燕，刘莉，等 ．松花型花揶菜主要品种签定的分子杯记 SRAP分析_J]．中国瓜菜，2010，2：1—4． 分析cJ]．植物遗传资源学报 ，20l0，l1(5)：621—624． [28]史红丽，韩 明玉，赵彩平 ．桃遗传多样性的SRAP和 SSR标记分 [35]卣佳敏，张新全，陈智华，等 ．菏藏商原和新疆地区垂穗披碱草种 析 [J]．华北农学报，2009，26(4)：187—192． 质的SRAP及RAPD分析[J]．草地学报 ，20l1，19(2)：306—316． f29]张鹏 ，张海洋，郭旺珍，等．以SRAP和EST—SSR标记分析芝麻 [36]沈程文，黄建安，赵世浩，等 ．利用SRAP和 ISSR标记分析广东茶 种质资源的遗传多样性 [J]．作物学报，2007，33(10)：I696一I702． 树种质资源的遗传多样性 [J1．核农学报，201(I，24(5)：948—955． [30]陈伦林．邹小云，李书宁，等 ．SSR和 SRAP标记揭示甘蓝型油某 [37]潭祖猛，李云昌，胡琼 ，等 ．SSR和 SRAP标记研究油菜杂交种骨 遗传多样性的差异分析 [J]．分子植物育种，2008，6(3)：511—516． 干亲本的遗传多样性 [J]．农业生物技术学报，2009，17(5)：882—890． [31]郭起荣，任立宁，牟少华，等．毛竹种质分子鉴别 SRAP、AHP、Is． [38]于拴仓，柴敏，姜证纲 ．主要番茄品种的分子鉴别研究fJ]．f1同 SR联合分析[J]．江西农业大学学报，2010，32(5)：982—986． 农学通报 ，2005，5：84—89． [32]郭瑞，李晓燕，王力荣，等 ．桃 SRAP体系的优化及与SSR在桃品 [39]王从彦，李晓慧，胡小丽，等 ．SRAP技术侄西瓜种子纯度鉴定 f【| 种鉴定上的比较 [J]．华北农学报，2009，24(4)：102—105． 的应用 【Jj．河南农业大学学报，2008，42(5)：491—495． 超级矩阵构树方法研究进展 朱新宇。’，汪保华 (1．南通大学生命科学学院，江苏 南通 226019；2．中国科学院系统与进化植物学国家重点实验室，北京 100093) 摘要：在后基因组时代，系统发育重建领域面临许多新的挑战。新的方法正在开发以处理高通量技术产生的庞大 复杂的 分子数据。系统发育大树是研究宏观进化和生物学问题的重要手段和基础，组合几百甚至几千个基因的超级矩阵是 “大树”构建 的主要方法之一。与通常的小规模矩阵相比，超级矩阵构树在每个步骤上都面临方法上的挑战，包括取样策略 、数据库操作、多 序列比对 、构树计算和树信心评估等构树环节。文章围绕超级矩阵构树方法的进展 、存在的问题和将来的发展进行了简要综述。 关键词：系统发育；系统发育信息学；超级矩阵；构树 中图分类号：Q111．9 文献标识码 ：A doi：10．3969／j．issn．1004—311X．2011．05．136 ResearchAdvancesonTree——buildingM ethodsofSupermatrix ZHU Xin—yuI．．W ANG Bao—hua (1．SchooloflAfeScience，NantongUniversity，Nantong226007，China；2．StateKeyLab