1基于新一代测序血液肿瘤转录组学研究v13ai-基于新一.pdfVIP

No.G011-1308 血 液 基于新一代测序的血液病转录组学研究 病 转 录 组 研究目的和意义 Small RNA-seq（小 RNA 测序）分析 miRNA 的表 达量差异，预测 miRNA 作用的靶基因，筛选可用于疾病诊 基于不同的新一代测序研究方案，寻找适用于白血病 断和预后的分子标记。 早期诊断、疾病分期或分级、预后的分子标记，药物筛选的靶 标，指导个体化用药的分子依据。 lncRNA-seq（长链非编码 RNA 测序）通过 PolyA 尾 抓 取 或 核 糖 体 RNA 去 除 的 方 法，富 集 mRNA 和 研究对象 lncRNA，可以发现样品中的新 lncRNA，并同时检测样本 中的 mRNA 和 lncRNA，进行共表达分析，以 mRNA 的 血液病类型：骨髓增生异常综合症（MDS），多发性骨 功能富集分析挖掘 lncRNA 的功能和潜在作用机制，探讨 髓瘤，非霍奇金淋巴瘤，霍奇金淋巴瘤，慢性淋巴细胞白血 lncRNA 和疾病的关系。 病，慢性髓细胞白血病，急性淋巴细胞白血病，急性髓细胞 白血病（急性粒细胞白血病）。 案例解读 取样标准：病理样品中血液或骨髓中非正常的细胞数 案例（一）人类B淋巴细胞转录组测序研究基 占 80% 以上，白血病早期或康复期非正常细胞数在 10% 因表达情况 以下的血液样品作为对照。 2011 年，Toung JM 等研究者对 20 位正常人的 B 淋 巴细胞 (human B-cells)total RNA 进行转录组测序，得到 新一代测序方案 共 879M 50bp 长的 reads。发现 20,766 个基因有表达， RNA-seq（PolyA 尾法 mRNA 测序）发现癌症发 67,453 个可变剪接，801 个新转录本，如图 1 所示。宏观认 生或转移相关的 mRNA 变异（几乎所有基因的表达量差 识人 B 淋巴细胞的基因表达情况、基因结构，结果应用在 异、基因融合和选择性剪切等事件）。 UCSC Genome Browser。 1. 预测新转录本 转录组测序不仅可知道已知转录本的表达，还可预测新的转录本。使用 Cutfflinks 对测序产物进行注释，得到 230,006 条基因。去除已知基因和基因组上的重复序列，得到