2009计算与整合生物学国际学术会议暨基因芯片、计算机和作物国际暑期研习班.pdfVIP

2009计 算 与 整 合 生 物 学 国 际 学 术 会 议 暨 基 因 芯 片 、．计 算 机 和 作 物 国 际 暑 期 研 习 班 陈 铭 (浙江大学生命科学学院生物信．8-．学系，杭州310027) 2009年9月 18～20日，2009计算与整合生物学 别在开幕式上致辞。来 自中国、美国、英国、德国、Et 国际学 术会 议 (2oo9IntemationalWorkshopon 本等国的60余名科研人员及相关方面专家注册参 C“omputationalandIntegrativeBiology”，CIB’09)暨基 加了本次会议。 因芯片、计算机和作物国际暑期研习班在杭州隆重 2009计算与整合生物学国际学术会议是整合 召开。本次会议由浙江大学、德国比勒费尔德大学和 生物信息学国际研讨会 (IntegrativeBioinformatics 英国埃塞克斯大学合作主办，g-~3t得到了德国联邦 InternationalSymposium)的卫星会议。会议重点着眼 教育和科技部、中国科技部英国研究理事会、德国 子生物数据整合、生物建模、计算生物学、系统生物 IMBio组织的支持。 学等领域的开拓性进展及创新眭发现。会议论文的 大会由浙江大学生命科学学院生物信息学系陈 议题主要涵盖了以下几个方面：生物数据及数据库 铭副教授主持，德国比勒费尔德大学RalfHofest~dt 的整合、生物信息学工具及工作流的整合与开发、代 教授和英国埃塞克斯大学 AndrewHarrison教授分 谢网络的预测与构建、生物网络分析、蛋白质相互作 § ， —9 —奎 r此 ， 妇 窜 ， 9 r， ·· }史 窜 r姑 窜 · r跨 窜 r-s~／~ r r：》 r 亩 r宣 r 一窜 r 宣 r夸；鲁船 些 ；章夸 r窖 ·》kr夸 - 窖 r (2)模型的建立。 我 们 用 依 照 该 思 路 找 到 的 microRNA 基于之前开发的microRNA靶点预测算法 hsa—miR-491—3p)，搜索了落在在 5个Pathway rnt HuMiTar，将条件放松，得到预测程序HumiTarR，通 hsa04310，mTOR hsa04150，p53hsa04115，Apoptosis 过该算法能有效预测 出与 ATK不发生绑定 的 hsa04210，Cellcyclehsa041lo)上的所有蛋白，检索 micmRNA。进一步，由搜索得到microRNA，对于特 出了hsa—miR-491—3p在哪些蛋 白对应 的基 因的 定通路，预测其与该microRNA绑定的mRNA。这 3’utr上可能有靶点。这样我们就初步相信能够被 样，通过逆向思维，我们可以得到与ATK无关而又 has—miR一491—3p调控 的且不包含 AKT的蛋 白网 能调控通路中基因的mieroRNA。 络，这个小网络被破坏引起的效果是细胞生长速度 量 (3)结果。 减缓，但更多有用的信号通路依然工作。 。 象 使用3个microRNA预测软件与我们得到的预 (4)展望 。 测结果比较 ，找到结果更少的不与 AKT绑定的 除了 目前找到的 5个通路 中与has—miR一 microRNA。为了挑出最可能的不与AKT绑定的 491—3p绑定的基因，还计划对所有人类基因组的基 目 mieroRNA，我们开发了松弛版HumiTar，相对于严格 因进行搜索，找到与has—miR一491—3p绑定的基因 除 版来说，如果用放松版断定某个microRNA没有在 所在的全部信号通路。进而全面分析这些基因被