计算机算法结合实验技术进行T细胞表位筛选.pdfVIP

维普资讯 第22卷第3期 重庆工商大学学报(自然科学版) 2005年6月 V01．22 No．3 JChongqingTeehnolBusinessUniv．(NatSeiEd) Jun．2005 文章编号：1672—058X(2005)03—0237—04 计算机算法结合实验技术进行T细胞表位筛选 王 虎 承 (重庆工商大学 环境与生物工程学院，重庆 400067) 摘 要：计算机算法与实验技术相结合的方法，已广泛用于各种免疫相关抗原T细胞表位 的鉴定，对现在可获得的计算机预测方法，以及计算机算法与实验相结合鉴定T细胞表位的方 法进行了综述，主要内容包括表位预测及抗原加工处理的预测。 关键词：T细胞；表位预测；主要组织相容性复合物(MHC)；计算机算法 中图分类号：R392—33 文献标识码 ：A T细胞表位的鉴定是基于表位进行疫苗开发的关键，而且特异性T细胞应答的检测技术 (如四聚体 技术、胞内细胞因子检测、ELISPOT分析等)都依赖于相关的T细胞表位的鉴定。T细胞表位鉴定的主要 突破是发现特定MHC分子的配体在特定位置有化学相似的氨基酸残基 ，称之为锚着残基(motif)。这个 信息很快被用于特定蛋白抗原T细胞表位的预测，成为了T细胞表位鉴定最为成功的策略之一…。 1 计算机预测 1．1 表位预测 关于MHCI类分子的配体 (CTL表位)，通常由8～1O个氨基酸残基组成，对其与MHCI类分子结合 的规律阐释的较为清楚，特别是肽库技术、计算机科学的发展和介入等，使 CTL表位预测方法获得了较大 的进展，从简单基序方案到超基序方案，从超基序方案到量化基序方案，再到后来的分子模拟方案，其预 测效率不断提高。 关于MHCII类分子的配体，其长度变化范围较大，很难阐释其肽的基序，因此，只有少数几种方法来 探讨MHCII类分子配体的基序特征，主要是基于天然配体的序列信息，包括天然配体的序列比对、肽库 序列分析等。Hammer等运用噬菌体肽库呈现技术进行结合分析产生了第一个关于HLA—DR配体基序 方案 。 20世纪9O年代初，候选表位肽的选择仅仅是运用简单基序方案。随着对结合肽认识的逐步加深(如 二级锚点的存在、不利于结合的氨基酸残基的存在等)，产生了更复杂、更精细的计算机预测方法。根据 研究的侧重点不同，结合肽基序方案的确定从以下两个方面进行。一方面，通过分析来至于蛋白抗原序 列的合成肽与特定MHC分子的结合情况来确定结合肽的基序特征，有关其最精确的描述可通过随机合 成肽库的定点扫描技术获得；另一方面，运用Edman降解法、质谱法以及肽库技术对天然MHC配体进行 测序分析以获得 MHC分子的肽结合基序方案。因此，这种结合基序不仅反映了与MHC分子结合的特 性，而且从一定程度上反映了抗原递呈的机制，如蛋白酶体降解的特异性、通过TAP转运至内质网所需要 的序列特性。实际上，通过随机肽库技术所获得的基序特征与从天然配体所获得的基序特征存在很大意 义上的区别，特别是c末端氨基酸。这就提出了一个问题：基于合成肽结合特性得到的基序特征对体内 的情况是否相符。 收稿 日期：2004—12—14；修回日期：2005—01—24。 作者简介：王虎承(1982一)，男，重庆市人，重庆工商大学2001级应用化学专业学生。 维普资讯 238 重庆工商大学学报(自然科学版) 第22卷 (1)MHCI类表位的预测。MHCI类表位的预测方法比MHCII类表位的预测方法要成熟得多。这 主要是因为MHCI类表位一般由8～10个氨基酸残基组成，且大多数情况为9个氨基酸组成的寡肽；另 一 方面，MHCI表位的基序特征也了解较为清楚。目前，有两种预测算法可以在www 网上免费使用：一 个是Parker等 开发的 “BIMAS”算法 ，另一个是 Rammensee等 开发的 “SYFPEITHI”算法。 “SYF— PEI