毛果杨基因组序列草图的构建与初步分析.pdf

... ... .. 陕西林业科技 2013，(2)：100～108 Shaanxi Forest Science and Technology 毛果杨基因组序列草图的构建与初步分析 田 郎 译 (中国热带农业科学院橡胶研究所，海南儋州 571700) 摘 要：本文报道黑三角叶杨(Populus trichocarpa Torr．Gray)，也即毛果杨全基因组序列测定及分 析结果。采用鸟枪测序法并结合遗传作图最终获得该物种全基因组序列草图。本研究还鉴定出45 000 多个蛋白质编码基因。分析结果进一步显示，该物种在杨柳科属种分化之前曾经历过一次全基因组复 制事件，大约有8 000对经复制产生的重复基因至今依然保留在杨属基因组之中；至于年代更为久远的 另一次复制事件则发生在杨属与拟南芥属种系分化之前。与拟南芥属相比，杨属植物在核苷酸取代，串 联基因重复，以及染色体重排上似乎均显得较为缓慢。杨属基因组的蛋白质编码基因明显多于拟南芥 属，每一个拟南芥基因平均约存在 1．4至1．6个杨属同系物。不过，该两个基因组中蛋白质结构域的相 对频率基本相同。此外，在杨属基因组中还发现大量与木质素纤维素壁生物合成，分生组织发育，抗性， 以及代谢物转运相关的特异性基因。 中图分类号：S 718．45 文献标识码：A 文章编号：1001-2l17(2013)02—0lOO O9 森林覆盖了地球陆地表面的30 (大约38亿 一 系列可资利用的遗传学工具。杨属植物表型各 hm。)。广袤的森林不仅蕴含着丰富的生物多样 异，通过种间杂交有助于开展一系列与生长速度， 性，而且也给人类带来众多的利益和好处，如清洁 植株高度，木材性质，以及纸质相关的重要经济性 的空气和水，木材，纤维，以及燃料等。据估计，全 状的遗传作图。迄今为止，杨树中已有很多数量性 世界的工业原料中略四分之一均来源于森林资源。 状基因座被作图定位，并已初步建立外源基因的遗 各种树体高大且生命周期极为漫长的森林乔木其 传转化体系。在适宜的条件下，杨树经4～6 a的 庞大的野生种群几乎遍及世界的各个大陆，而且它 营养生长即可进行有性繁殖，通过新品种的选育和 们在不同于一年生草本植物的选择压下一直生存 推广可以有效地促进杨树种植业的可持续发展。 繁衍至今。这些木本物种在生长发育过程中广泛 最后，鉴于杨树生长迅速，通过对植株的木质素纤 涉及到与季节变化相适应的次生生长，信号转导， 维素成分进行热化学或生化转换，有望为人类提供 水分及养分长距离分配输送，营养物储藏，以及代 宝贵的可再生能源，进而也有效地减少大气温室气 谢物再分配等。不仅如此，这些多年生木本物种还 体的排放。 需要在不断变化的物理及生物胁迫下于固定地点 1 测序及组装 生存繁衍数达百年以上，这也使得它们与众多生命 周期短的植物明显有所不同。总之，林木物种这些 本研究以黑三角叶杨(毛果杨)的一个雌性单 有别于其它生物的特点，尤其是它们高大的树体及 株，即“Nisqually 1”为材料，采用全基因组鸟枪法 漫长的营养生长期给人们研究其生物学特性的细 测序及组装策略进行基因组序列测定。测序显 胞及分子学机制带来了巨大的困难和挑战。为了 示，大约760万个末端测序片断的Q2O(或以上) 在了解较为深入的木本模式植物中开展和加强此 总读长为 4 200Mb，平均每个约553pb。这些片 方面的研究，我们对黑三角叶杨，也即毛果杨 段