化学生物学--生物学基本概念.pptVIP

20种常见氨基酸的分类和结构 （3）芳香基族：这类氨基酸包括苯丙氨酸（Phe）和色氨酸（Trp)。由于含有苯环分子量较大所以芳香基族的氨基酸大都具有疏水性。(4）??酸性的基族：这类氨基酸大多为亲水的，包括门冬氨酸等。 (5）???碱性的基族：同酸性的氨基酸一样为亲水基，包括赖氨酸（Lys），精氨酸（Arg）和组氨酸（His）.(6）含硫的基族：包括亲水的半胱氨酸（Cys）和疏水的蛋氨酸（Met）。(7）亚氨基族：指亲水的脯氨酸（Pro）。 一级结构是蛋白质的基本结构，与蛋白质的功能有密切关系。 活性部位的氨基酸残基的异常，即可导致蛋白质功能的异常。 For example: 镰刀型红细胞贫血：运氧能力大为减弱，过早死亡 核酸(DNA/RNA) 核酸的组分 RNA：磷酸 + 核糖 + C A U G DNA：磷酸 + 2′-脱氧核糖 + C A T G 核酸的化学组分 基本化学组分：含氮碱基，戊糖环（或脱氧戊糖环）和磷酸基团 正常生理状态下的细胞里，通常含有2种类型的核酸——核糖核酸（RNA）和脱氧核糖核酸（DNA） 核酸的化学组分 核酸的化学组分 戊糖和脱氧戊糖的结构和构象性质 1.1.1.1糖环的折叠形式 核酸中糖环的折叠形式是一个构象问题 构象 (conformation) 构型 (configuration ) 1969年IUPAC决定统一用构象一词描述生物大分子空间结构 糖环的折叠形式 一、核酸中戊糖的特点: 五元糖环不呈一个平面; 其中的C1′-O4′-C4′三个原子通常在一个平面上; C2′和C3′原子偏离平面0.05nm. 由于这种偏离使糖环具有不同的折叠形式——构象 糖环的折叠形式 糖环折叠形式的类型和命名: 1 以C5′作参照可分成两类：内式（endo）构象和外式（exo）构象 C2′和C3′偏离平面的方向与C5′同向，则称为内式构象。 C2′和C3′偏离平面的方向与C5′反向，则称为外式构象 糖环的折叠形式 糖环折叠形式的类型和命名: 2 按照C2′和C3′偏离平面的情况，可分成两大类——信封式（envelope form）和扭转式（twist form）构象 信封式：糖环的C2′和C3′中只有一个原子偏离平面，而其余4个原子在一个平面上，则称为信封式（简写为E）构象 扭转式：糖环的C2′和C3′2个原子都偏离平面且偏离方向相反，而其余3个原子在一个平面上，则称为扭转式（简写为T）构象 糖环的折叠形式 糖环折叠形式的类型和命名: 1 信封式命名规定 内式构象中偏离平面的原子编号写在字母E的左上方； 外式构象中偏离平面的原子编号则写在字母E的右下方 Ex1. C2′-endo（2E）， C3′- endo（3E）， C2′-exo（E2）， C3′- exo（E3）。 糖环的折叠形式 糖环折叠形式的类型和命名: 糖环的折叠形式 糖环折叠形式的类型和命名: 2 扭转式的规定 内式构象中偏离平面的原子编号写在字母T的上方 外式构象中偏离平面的原子编号写在T的下方 糖环的折叠形式 糖环折叠形式的类型和命名: 如偏离平面的距离相等，两原子编号都写在T的前面 ex1. 23T (C2′-endo-C3′- exo) 32T( C2′-exo-C3′- endo) 如偏离距离不等，偏离大的写在T的前面，偏离小的则写在后面 。 ex2. 3T2 (C3′- endo -C2′-exo)、2T3 (C2′-exo-C3′- endo) 糖环的折叠形式 糖环折叠形式的类型和命名: 糖环的折叠形式 糖环折叠形式的类型和命名: 另一种表示式： C2′-exo-C3′- endo称为N式（北式），如3T2、32T、2T3 。 C2′-endo-C3′- exo称为S式（南式），如2T3、23T和3T2 。 糖环的折叠形式 糖环折叠形式的类型和命名: 糖环的折叠形式 糖环折叠形式的类型和命名: 考虑居间的扭转模型，引入赝转轮（Pseudorotation cycle）的概念 赝转轮的相角ρ由环内糖的扭转角表示，其数学表达式如下： tanρ= (ν4+ν1)-(ν3+ν0)/2·ν2·(sin36°+sin72°) 定义，ρ=O时，