基因组结构中的序列模式：病毒与宿主.ppt

缪强 南京大学化院 人类基因组与病毒序列用“词”比较 生物信息学与基因组学 南京大学化学化工学院 缪强 Tel: 025E-mail: cheminfo@ http://L/cai http://L/bioinfo 人类基因组与病毒序列用“词”比较 背景与意义 基因组中的“词”缺失 病毒序列中用“词” 人类、小鼠基因组中的缺失“词” 病毒使用的人类、小鼠基因组缺失“词” “不相容”词与细胞免疫反应 例：SARS病毒和HIV-1病毒 去年春季的SARS和今春突发的禽流感 审视、评价安全和谐的生态系统，检测、诊断和监控威胁人类及其它高等动植物宿主的已知和潜在病毒，生物领域安全和反恐。 病毒致病机制的理解和病毒芯片研制、安全化学疫苗研制、RNA干扰治疗与基因沉默、抗病毒分子药物机理研究与筛选、抗病毒中药的机理及优化与配伍。 背景与意义 人类基因组以及一些高等动植物、微生物、病毒基因组测序工作 了解基因组的结构、在基因水平和亚分子水平上理解生命现象、对人类和重要动植物基因组和病毒基因组研究提出了迫切要求、是后基因组计划的基本任务之一。 Human(Homo sapiens) honey bee (Apis ellifera) domestic cat(Felis catus, feline) chicken (Gallus gallus) Cow(Bos Taurus, Bovine) Fruit fly(Drosophila melanogaster) dog Zebrafish(Danio rerio) Mouse(Mus musculus) Rat(Rattus norvegicus) Pig (Sus scrofa) sheep(Ovis aries ) Rhesus macaque (rhesus monkey, Macaca mulatta) Chimpanzee(Pan troglodytes) purple sea urchin (Strongylocentrotus purpuratus) Malaria and Mosquito Plasmodium falciparum Anopheles gambiae Dictyostelium discoideum Nematode (Caenorhabditis elegans) plant Marchantia polymorpha (liverwort) Medicago sativa (alfalfa) Medicago truncatula (barrel medic) Mesembryanthemum crystallinum (common ice plant) Pinus taeda (loblolly pine) Populus tremula x Populus tremuloides Secale cereale (rye) Solanum tuberosum {potato} Sorghum bicolor (sorghum) Sorghum propinquum Triticum aestivum (wheat) Zea mays (corn) 多路线多层次进入基因组信息分析领域 2003年6月麻省理工学院和哈佛大学计划联合投资3亿美圆、日本计划投资100亿日圆（约合1亿美圆）。 基因组的信息结构、文法、句法、词法结构。 维护国家安全、保障人民群众的身体健康，开发有我国自主知识产权的基因芯片有重要意义。 基因组中的“词”缺失 病毒序列中用“词” 人类等高等生物基因组中“词”的重复率高 病毒基因组中用“词” 重复少 从11-word开始人类等高等生物基因组中出现“词”缺失 不包含在人类、小鼠基因组中的外来“词” 许多人类基因组中缺失的“词”在小鼠和果蝇基因组中能找到。 动物冠状病毒使用的人类基因组缺失“词” 人类病毒使用的人类基因组缺失“词” 动物冠状病毒使用的小鼠基因组缺失“词” 人类病毒使用的小鼠基因组缺失“词” “不相容”词与细胞免疫反应 病毒特征 SARS HUM-OC43 HUM-229E Influenza A Human Hepatitis B ~ Human Hepatitis D ~ HIV-2 HIV-1 Influenza B ~ Human Hepatitis A SARS病毒 SARS病毒特征(human-specific) SARS病毒特征(mouse-specific) SARS病毒的“不相容”词(相似) SARS spike protein encoding region人和鼠对SARS的不同反应 SARS Spike Protein中的“奇异”片段 243