高通量测序技术在农作物全基因组序列测定中的应用概览.pdfVIP

生物技术进展 2012年 第2卷 第1期 11 15 CurrentBiotechnology ISSN 2095—2341 高通量测序技术在农作物全基因组序列测定中的应用概览 孙健冬 孟山都生物技术研究(北京)有限公司，北京 100190 摘 要：近几年飞速发展的高通量测序技术(nextgenerationsequencing，NGS)在生命科学研究的各个领域充分展现了其 低成本、高通量和应用面广等优势。在现代农业生物技术领域，利用高通量测序技术，科学家们不仅能更经济而高效对 农作物、模式植物或不同栽培品种进行深入的全基因组测序、重测序，也可以对成百上千的栽培品种进行高效而准确的 遗传差异分析、分子标记分析、连锁图谱分析、表观遗传学分析、转录组分析，进而改进农作物的育种技术，加快新品种的 育种研究。其中，获得农作物的全基因组序列是其他研究和分析的基础。本文通过介绍近年来发表的一些利用高通量 测序技术进行的农作物全基因组测定和组装的工作，展示高通量测序技术在现代农业生物技术领域的广泛前景以及其 建立起来的研究基础。 关键词：高通量测序；农业生物技术；全基因组；农作物；序列拼接 DoI：10．3969／j．issn．2095-2341．2012．01．02 A BriefReview ofCrop’SWhOleGenomeSequencing by NextGeneration Sequencingtechnology SUNJian—dong Mo~amoBiotechnologyR~eawh(Beijing)Company，Bejiing100190，China Abstract：Next·generationsequencing (NGS)technologiesaredevelopedandimproveduqicklytheseyearsasapowerful alternativetogenomicsresearches．NGSplaftormshavebeenusedmoreandmoreforthede2／0)／0sequencingofcropsorplants genomesinrecentyears．Inthisreview，weoutlinesomeimportantcropsde ／103／0genomeassemblyprojectsforwhichNGS technologiesaleusedasanimportantpart，inordertoshowtheimportantpotentialthatNGStechnologiesaleexpectedtoadvance cropgeneticsandbreeding，leadingtocropimprovement． Keywords：highthroughputseuq encing；agriculturalbiotechnology；wholegenome；crop；assemb ly 1953年4月25日，当Watson和 Crick在 Nature))杂志上发表 DNA分子双螺旋模型l1的 1 测序技术的发展趋势 时候，估计他们并没有意识到 自己已经打开了一 个崭新学科——分子生物学——的大门，而 DNA 1977年，Sanger等 发表了利用末端终止反 双螺旋模型的发表，也毫无争议地成为人类科学 应的DNA测序方法 (又称为 “末端终止法 DNA 发展史上的重要里程碑之一_2J。随后的半个多 测序”或 “Sanger测序法”)，使得大规模、自动化 世纪中，在全世界科学家的共同努力下，以分子生 的DNA测序成为可能。经过若干技术改进后， 物学为代表的现代生命科学研究获得了跨越式的 Sanger测序法逐步成为DNA测序的主要技术，并 发展。测定生物体DNA分子中核苷酸的排列顺 成功地测定了包括人类基因组在内的若干生物体 序 (以下简称 “DNA测序”)已经成为揭示生命本 的基因组序列。然而，由于Sanger测序法的成本 质的钥匙。 过高、测序通量较低、耗时耗力等缺点，较大地限 收稿 日期：2011-11-18；接受日期 ：2011．12—12 作者简介：孙健冬，博士，主要从事基因组学及生物信息学研究。Tel：O10_