20081214_预测和鉴定蛋白质翻译后修饰生物信息方法.pdfVIP

现代生物医学进展 Progress in Modern Biomedicine 2008 Vol.8 No.9 1729 · · 专论与综述 · · 预测和鉴定蛋白质翻译后修饰的生物信息方法 李 虹1,2谢 鹭1, 2 1中国科学院 系统生物学重点实验室 上海2000312上海生物信息技术研究中心 上海200235 （ ， ； ） 蛋白质翻译后修饰对蛋白质成熟 结构和功能多样性有决定性的作用 但蛋白质翻译后修饰的多样性 普遍性 动态性 使 摘要： 、 。 、 、 ， 传统的生物化学方法在全局水平上理解翻译后修饰非常有限 对它们的研究 特别是大规模的研究长期发展缓慢 现在 在实验 ， 、 。 ， 研究基础上 借助多方面的生物信息学方法 可以快速高通量的预测和鉴定蛋白质翻译后修饰 一方面 可以从序列角度出发 基 ， ， 。 ， ， 于酶识别底物的特异性 用位点权重矩阵 支持向量机等算法 从底物蛋白质序列提取修饰相关的保守序列 并用于预测翻译后 ， 、 ， ， 修饰位点 这种方法相对成熟 能够取得较理想的预测准确性 但不能反映不同时间不同细胞的翻译后修饰状态 另一方面 可从 。 ， ， 。 ， 质谱数据分析出发 有望捕获细胞内翻译后修饰的动态特性 质谱分析的高灵敏度 高准确度和高通量的能力已使建立在质谱基 ， 。 、 础上的蛋白质组学成为研究翻译后修饰的重要工具 生物信息学方法和质谱蛋白质组学的结合则更可以加速研究翻译后修饰的 ， 进程 本文从序列和质谱分析两个角度总结评价了各种翻译后修饰相关生物信息学方法的研究近况 重点讨论利用质谱数据鉴 。 ， 定翻译后修饰的新思路。 蛋白质翻译后修饰 位点权重矩阵 质谱 生物信息 蛋白质组学 关键词： ； ； ； ； 中图分类号 Q7文献标识码 A 文章编号 1673-6273200809-1729-07 ： ： ： （ ） 1,2 2,1△ LIHong,XIELu （ 1KeyLabofSystemsBiology,ShanghaiInstitutesforBiolo