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第21 卷第4 期 系 统 仿 真 学 报© Vol. 21 No. 4
2009 年2 月 Journal of System Simulation Feb., 2009
基于偏最小二乘回归的基因网络数学建模
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朱 洵 , 荣起国
（1.中国劳动关系学院，北京 100037 ；2. 北京大学工学院，北京 100871 ）
摘 要：对基因表达数据进行数学建模是理论系统生物学的一个热点，其难点之一在于数据的小样
本特性、多重相关性及粗糙性。针对基因表达数据的这些特点，偏最小二乘回归被首次引入基因
网络的数学建模领域，通过轮换计算将变量投影重要性指标拓展为 VIP 矩阵，建立了基因网络模
型。经验证所构建的网络具有生物学意义，运用图论分析可证实其符合“无尺度网络”的特性，从而
证明了这种建模方法的可行性。
关键词：偏最小二乘回归；VIP 矩阵；基因网络；数学建模；图论
中图分类号：R318.04 文献标识码：A 文章编号：1004-731X (2009) 04-1148-07
Modeling of Gene Networks Using Partial Least Square Method
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ZHU Xun , RONG Qi-guo
(1. China Institute Relations of Industry, Beijing 100037, China; 2. College of Engineering, Peking University, Beijing 100871, China)
Abstract: Mathematical modeling of gene expression data becomes a hot topic in the theoretic system biology. Difficulties
in this work include the lack of samples, the multiply correlation and the roughness of data. In order to solve these
problems, the Partial Least Square Method was introduced, and the gene network model was constructed with the use of
VIP (Variable Importance in Projection) matrix. It is proved that this network has biological meanings, and the whole
network is a “scale-free network” while analyzing by graph theory, which makes the feasibility of this method acceptable.
Key words: PLS; VIP matrix; gene network; mathematical modeling; graph theory
引 言1
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