基于生物信息学日本血吸虫酶分子筛选和识别.pdfVIP

基于生物信息学的日本血吸虫酶分子的筛选和识别1 1 2 1 1 1 1 胡斐 ，刘稳升 ，吕志跃 ，郑焕钦 ，余新炳 ，吴忠道 1．中山大学基础医学院寄生虫学教研室，广州（510080 ） 2．中山大学基础医学院生物医学工程系，广州（510080 ） E- mail ：wuzhd@ 摘 要：目的 从已公布的日本血吸虫蛋白序列中找出与人类蛋白在序列上差异较大的日 本血吸虫特异性酶蛋白序列。方法 从NCBI 上下载人类和日本血吸虫相关蛋白序列数据， 分别建立本地化的酶蛋白质序列数据库，采用 BLAST 程序，并以 E-10 为阈值进行序列的 同源性分析。结果 获得了459 个日本血吸虫酶蛋白质序列，并按生物学功能分成了45 个 类别。结论 获得了一批与人类酶分子有着较大差异的日本血吸虫酶蛋白质序列，为寻找 血吸虫病疫苗候选分子和药物靶标提供新的的信息。 关键词：生物信息学，基因组，日本血吸虫，酶 中国图书馆分类号：R38 我国是日本血吸虫病流行严重的国家 子的筛选，获得了459 条与人类同源性低 之一。经过50 多年的努力，防治工作已取 的日本血吸虫酶类蛋白序列，为血吸虫病 得了举世瞩目的成就。但近年来，随着生 疫苗和新药的研究提供新的有价值的信 态环境的变化等因素的影响，血吸虫病疫 息。 情又有回升的趋势，病人数居高不下，急 1. 材料与方法 性血吸虫病时有出现，全国感染人数仍有 70 多万，大部分流行区的人畜血吸虫感染 1.1 数据收集 分别以 Schistosoma 率在3%~5%，局部地区高达60 % 以上， japonicum （日本血吸虫）和Homo sapiens 重疫区有新发晚期血吸虫病病例出现[1] 。 （人类）为关键词，对公共数据库 人群化疗是当前血防对策中的主要措施之 NCBI(/) 进行 一，但吡喹酮大规模反复使用可能产生耐 查找并下载数据，分别建立本地化的日本 血吸虫蛋白序列数据库和人类蛋白质序列 药性的问题已经引起了各方的关注。因此， 数据。由于数据需求的不同，血吸虫蛋白 开展日本血吸虫病疫苗研究和新药开发对 序列以 genpept 存储以方便对序列进行分 于我国血吸虫病防治可持续开展具有重要 析和查找，而人类则以 FASTA 格式保存 的意义。 以进行比对。 已有研究表明，酶是生物体生命活动 1.2 研究方法 重要基础之一，利用酶作为靶标已成为国 内外疾病疫苗开发的热点，如目前正在研 1.2.1 日本血吸虫酶蛋白序列数据库的建 究的血吸虫谷胱甘肽S 转移酶（GST ）就 立 按以下标准对本地化的日本血吸虫蛋 是一个公认的疫苗候选发分子[2] 。随着日 白质序列数据库进行检索，筛选出可能为 本血吸虫基因组计划的开展[3] ，也为我们 酶的蛋白质序列，并且以 FASTA 格式保 充分利用日本血吸虫基因组的数据信息