锦葵科植物DNA条形码通用序列的筛选.pdfVIP

植物学报 ChineseBulletinofBotany 2011，46(3)：276—284，v、，v ．chInbulIb0cancom doi：10．3724／SP．J．1259．2011．00276 · 研究报告 · 锦葵科植物DNA条形码通用序列的筛选 王柯’，陈科力 ，刘震’，陈士林2 ’湖北中医药大学，中药资源和中药复方教育部重点实验室，武汉 430065 中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所，北京 100193 摘要 对锦葵科植物样品的ITS、ITS2、rbcL、matK；~HpsbA—fr门H序列进行PCR扩增和测序，比较各序列的扩增效率、测序 成功率、种 内和种间变异的差异以及barcodinggap图，使用BLAST1和NearestDistance方法评价不同序列的鉴定能力，进 而从这些候选序列中筛选出较适合锦葵科植物鉴别的DNA条形码序列。结果表明，iTS序列在采集的锦葵科植物11个种26 个样品中的扩增成功率较高，其种内、种间变异差异~1]barcodinggap较ITS2、psbA．trnH及rbcL序列具有更明显的优势，且 纳入60个属3164种共1228个样品的网上数据后，其鉴定成功率可达89．9％。psbA．trnH序列的扩增和测序成功率最高，其 鉴定成功率为63．2％，并能鉴别一些ITS序列无法鉴别的种。实验结果表明，ITS和psbA—trnH是较适合鉴别锦葵科植物的 DNA条形码序列组合。 关键词 DNA条形码，鉴定，ITS，ITS2，锦葵科，psbA—trnH 王柯，陈科力，刘震，陈士林 (2011)．锦葵科植物DNA条形码通用序列的筛选．植物学报 46，276—284 锦葵科 (Malvaceae)植物全世 界约有50个属 ， a1．，2005)C01基因被公认为动物界中标准的DNA条 1000多种，广泛分布于温带和热带地区，我国有17 形码基因。由于植物容易发生杂交和网状进化。同一 个属，76个种，南北各地均有分布 (侯宽昭，1982)。该 基因在不同类群中的进化速率可能不同，导致植物条 科一些植物具有较高的经济价值 ，如陆地棉(Gos- 形码 的研究 比动物 复杂得多 (Kresseta1．，2005； sypium hirsutum L，)、苘麻 (Abutilontheophrasti Newmastereta1．，2006)，目前DNA条形码在植物类 Medik．)和大麻槿(H~iscuscannabmusL．)等是重要 群中的研究和应用尚处于起步阶段(任保青和陈之端， 的工业纤维作物 ，木槿 (H．synacusL．)和木芙蓉 2010)。学者们推荐了几种植物的DNA条形码候选序 (H．mutabilisL_)等是著名的庭园观赏植物。另外，据 列及其组合(Chaseeta1．，2007；KressandErickson， 记载该科有12个属，60多个种具有药用价值。 2007；Pennisi，2007)，但这些序列是否适合每一个 加拿大动物学家HebeK等 (2003a)首次提 出的 具体的植物科或属，尚需进行针对性的探索研究。在 DNA条形码技术(即通过使用一段DNA片段对物种进 此背景下，本文选取近年来几个重点推荐的序列如 行鉴定)具有快速、客观和操作程序化等特点。该技 ITS、ITS2、rbcL、matK以及psbA—trnH，比较其对锦 术一经推出便引起了科学界的广泛关注，并成为生物 葵科种类的鉴别能力，考察各候选序列作为该科植物 学领域近期的研究热点之一(闫化学和于杰，2010)。 DNA条形码通用序列的适用性，以期为DNA条形码 该技术的重点任务是筛选出能够广泛使用的DNA通 技术在锦葵科植物中的应用提供依据。 用序列。Hebert等(2003b)对动物界的11个门13320 个物种 (除刺胞动物 门外)的C01(cytochromecoxi． 1 材料与方法 dasesubunit1)基因序列进行了分析，发现该序列的 1．1 材料 种 间变异能够较