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IPI 基因的生物信息学分析 邢书凡 北京大学生命科学学院,北京,100871, 中国 摘要 类异戊二烯类物质在生物体的生长发育过程中起着很重要的作用.在植 物中这类物质的合成是通过两条途径来完成的.一,定位于细胞质中的 MVA 途径; 二,定位于质体中的MEP 途径. 由IPI 基因所翻译产生的异戊烯焦磷酸酯同分异构 酶,在这条途径中的作用还不是很清楚.为此我们对于拟南芥中的 IPI 基因进行分 析. Keywords: IPI,类异戊二烯,异戊二烯焦磷酸酯同分异构酶，生物信息学 DOI: 自然科学基金 一， 背景介绍 1.1 IPI 简介 异戊烯焦磷酸同分异构酶(isopentenyl diphosphate isomerase )简称 IPI,在生物 体内类异戊二烯类物质的合成中发挥重要作用.其生化酶活可以催化异戊烯焦磷 酸酯(IPP) 和甲基丙稀基焦磷酸酯(DMAPP) 间的同分异构转化. 随后,IPP 和 DMAPP 之间, 以及IPP 和DMAPP 缩合产生的中间产物间,可以发生多次聚合反应, 最终合成出各种各样的类异戊二烯类物质.这些类异戊二烯类物质参于生物体内 的多种生命活动,如信号传导,生理调节等. IPI 广泛并保守地存在于生物界中.其中拟南芥全基因组共有两个编码 IPI 的 基因.在原先的研究中,Michael C.将他们分别命名为IPP1 和IPP2(Michael C. et al. 1998). 1. 2 IPI 所参与的代谢途径 IPI 参与的总代谢途径共有两条,分别是二羟甲基戊酸合成途径(简称 MVA 途 径)和甲基苏糖醇磷酸酯途径(简称 MEP 途径或 Rohmer 途径). 在高等植物细胞中,两途径均存在.其中 MVA 途径定位于细胞质,MEP 途径则 定位于质体中.植物体内各种类异戊二烯类物质的合成都是通过以上两条途径进 行的. MVA 途径主要合成的类异戊二烯类物质为固醇,倍半萜,泛醌和多萜等(见图 1).固醇可以参与细胞膜的形成,泛醌可以参与形成线粒体的电子传递链,倍半萜可 以修饰特定蛋白,从而有利于蛋白的活性调节以及确定蛋白的亚细胞定位. 多萜 中的油菜素内酯,是一种很重要的植物激素. MEV途径主要合成的类异戊二烯类物质,与MVP途径有些差别,包括单萜,特定的 倍半萜,二萜,类胡萝卜素,叶绿素和质体醌等(见图1).其中单萜,二萜和特定的倍半 萜可以吸引传粉昆虫,有的也可以参与抵御病菌侵染.叶绿素和类胡萝卜素是光合 色素.质体醌参与组成光合传递链.MEV途径的合成产物中还有赤霉素(GA),脱落 酸(ABA)和细胞分裂素(cytokinin)这些重要的植物激素. 图 1, 植物类异戊二烯类物质合成途径 1.3 IPI研究进展 植物中的 IPI,最早是 1995 年 Blanc 等在 Clarkia breweri 和 Clarkia xantiana 中克隆到的.而真正有功能的IPI,是 1998年 Campbell 等在拟南芥中克 隆到的.接下来 2000,Han Kyung-Hwan 等又在橡胶树(Hevea brasiliensis)中克 隆了 IPI 的编码基因.随后,人们又获得了水稻和烟草(Nicotiana tabacum)中的 IPI 基因克隆. 在对植物 IPI 的研究中,拟南芥中 IPI 的研究最为深入.通过体外实验,人们 从原核表达系统收集到具有生化活性的蛋白上清液.实验证明还拟南芥基因组中 共有两个 IPI 编码基因,基因在基因组中的拷贝数少于二,同时还预测这两个基 因都具有定位于质体的导肽序列.在14天的拟南芥幼苗中根中的 IPI表达量是叶 片的两倍以上. 最近,对烟草进行的体内 IPI 翻译抑制实验证明,IPI 在植物的类异戊二烯合 成途径中起到一定的作用(Toni M. et al.2004).试验中获得了具有黄化斑点的 叶片.通过显微分析表明,在 IPI 翻译抑制植株中,叶片的叶绿体在黄化斑点处发 育异常.此外