基因集分析研究方法统计理论探讨.pdfVIP

· 484 · 中国卫生统计2013年8月第 30卷第4期 基因集分析方法统计理论探讨 曹文君 侯国强 李运明 张 威 张 扬 陈长生 【提 要】 目的 从统计理论角度探讨基因集分析方法 ，初步建立微阵列数据基因集统计分析理论框架。方法 采 用计算机模拟技术，比较不同原假设、理论分布生成方法在进行基因集分析时的统计学性质。结果 自限性原假设方法 ROC曲线下面积AUC为0．858。而竞争性原假设方法曲线下面积AUC为0．512。相同设定条件下，bootstrap方法的错误 发现率(最高为0．015)低于permutation检验 (最高为0．075)；而 pemrutation方法的检验效能(0．89)优于bootstrap法 (0．67)。结论 有效的基因集分析方法应在正确使用生物学注释基因的基础上，建立 自限性原假设、采用基因表达水平 标准化值构建基因集统计量并根据需求利用有效的随机化算法构建统计量的理论分布进行推断。 【关键词】 微阵列数据 基因集方法 统计理论 MonteCarlo模拟 微阵列实验分析得到一列差异表达基